ジャイアントアニマルに遭遇したマニー達は獣から謎の種を受け取る。その後、彼らは密猟団の追跡を逃れ、アンテナ塔にいるエミリーのもとへたどり着く。 翌朝一行はバプカ族のスーマとともに彼女の村へ向かうが、その途中に彼らが見たものはジャングルの中にひっそりとたたずむ閉鎖された研究所の姿であった。 未知なる種や研究所との出会いに予期せぬ運命の歯車が回りだす。
ブラントン大学3回生のエミリーはプログラマーとしてロボットサークルに所属している。彼女はアルバイトでキャメロン自然国立公園内の巡視をしている際に事故に遭ってしまう。キャンプにいるはずのレスキュー隊員に助けを求めるが、不幸にもそこに居合わせたのは密猟団達だった。彼女はエリア巡視ロボットのキュート04と出会い、広大な自然公園からの脱出を試みることになった…。
ある女性の変死体をきっかけに政府の捜査機関は危機感を募らせていた。その女性の遺体にはジャイアントアニマルの種を食べた後に起こる体の異変がみられた。種の流出拡大を食い止めるためマニー・タイタンの追跡を開始したシマニックはフクロウの巣という組織の存在を知る。捜査機関はこの組織の中心人物となるハリス・ハレの企てを暴くため大規模な捜査に乗り出した。一方ジャングルでの事故後、消息を絶っていたマニーから突如エミリーのもとへメッセージが届けられる。エミリー達は彼に協力するため危険を冒し、次第にハリス達の描く新世界への計画に巻き込まれていく。
