1年目のインターハイで見事、総北高校を総合優勝へと導いた小野田坂道。今泉や鳴子と共に2年生へと進級し、キャプテン・手嶋たちと新チームで連覇を目指す！そして迎えた夏のインターハイ。昨年の雪辱に燃える王者・箱根学園は、新キャプテン泉田を中心に次々とリザルトを獲得し、快進撃を見せる。王者の風格を取り戻した箱根学園を前に、総北は再び挑戦者となり、苦境に立たされる。そんな中、遂にレース最終日がスタート！2日目のゴールを制した京都伏見・御堂筋も新たなフェイズへと動き出す……。各チームが闘志を燃やす中、坂道は仲間と繋いできた絆を信じ、栄光のゴールを掴み取れるのか――!?
千葉県立総北高校に入学した小野田坂道（小越勇輝）は、秋葉原を愛するオタク少年。高校では友達を作るために、アニメ・漫画研究部に入部をしようとする。しかし、同級生の今泉俊輔（木村達成）や鳴子章吉（深澤大河）と出会い、自転車で走ることに楽しさを見出した坂道は自転車競技部へと入部する。総北高校自転車競技部は３年のキャプテン・金城真護（郷本直也）を中心に、「暴走の肉弾頭」の異名を持つスプリンターの田所迅（友常勇気）や独特のダンシング走法で「頂上の蜘蛛男（ピークスパイダー）」の異名を持つ巻島裕介（馬場良馬）といった個性のある強力なメンバーが揃い、インターハイの頂点を目指している。自転車競技については素人であった坂道は、今泉や鳴子と一緒に走った経験、１年生ウェルカムレース、４日で１０００Ｋｍを走る耐久合宿を乗り越えながら、クライマーとしての素質を一気に開花させていく。合宿の成果により見事、インターハイ出場メンバーに選ばれた小野田坂道は、自らを育ててくれた総北高校自転車競技部メンバーと共に、スタートラインに立つ。インターハイ、闘いの幕があがる。
夏、灼熱のインターハイ。その戦いの地・栃木に、３人の男が向かっていた。昨年、総北高校自転車競技部のメンバーとしてインターハイを制覇した、金城真護、巻島裕介、田所迅だ。彼らは新生チーム総北の応援のために集結したのである。車を走らせながら、３人は昨年の戦いを振り返りながら、新生チームへの期待に胸を膨らませていた。高校からロードレースを始めた初心者ながら今やチームのエースクライマーとなった小野田坂道、新キャプテン手嶋純太をはじめとする総北高校自転車競技部。インターハイの戦いに臨む彼らのこれまでの道のりは、決して平坦ではなかった。信頼し支えてくれていた先輩との別れ。「全員で支え合い繋ぐ」というチームの魂の継承。他校だけでなくチーム内の仲間とも激しくぶつかったインターハイ出場を賭けた戦い…。それらを乗り越え、全国の強豪が集まるインターハイの頂点を目指して、灼熱の地を駆ける！新世代の始まりの物語が、ここに―！
前年の全国大会＜インターハイ＞を制した主人公・小野田坂道が所属する総北高校。チームを引っ張った先輩たちが卒業・引退し、新たな世代のチームとして始動した彼らは、互いに刺激し合い、支え合い、高め合いながら、連覇を目指してインターハイの切符を勝ち取った。そして迎えた決戦の時。ライバルであり王座奪還を狙う箱根学園、怪物レーサー御堂筋を擁する京都伏見、そして全国の強豪たちが一堂に集い、優勝を目指して激しくぶつかり合う！選手全員が各々に秘める想い。直線を疾走するスプリンターとして、山を制すクライマーとして、そしてチームを勝利に導くエースとして・・・栄光へのそれぞれのゴールライン＝“ＧＬＯＲＹ ＬＩＮＥ”を最初に駆け抜けるのは、果たして誰なのか―！？
「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 巻島裕介」春、総北高校に入学した巻島裕介。これまでたった一人で走ってきた彼は総北の自転車競技部に入部することで、自らの自由な走りで周囲から認められ、広い世界に羽ばたくことが出来る、と胸を躍らせていた。しかし、彼の独特なダンシング走法は、部の先輩たちから嘲笑され、走り方を直すように言われてしまう。「自転車は自由だ」と信じていた巻島は…。「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 東堂尽八」オシャレであることがモットーの中学二年生・東堂尽八は、箱根の街に生まれ育った、老舗温泉旅館の嫡男。ある日、ロードバイクに乗る友人・糸川修作から自転車レースに誘われるも、ヘルメットで髪が乱れる理由から拒否。しかし試しに２人で競うように箱根の山を走ってみると、東堂の心の中にひとつの衝動が生まれ―。「弱虫ペダル スペアバイク それいけアラキタくん」箱根学園１年生ヤンキー、荒北靖友は今日も授業をサボり、校舎裏へ。そこで出会ったのは…。
総北高校入学を機に自転車ロードレースと出会い、その世界に足を踏み入れたオタク少年・小野田坂道。今泉俊輔や鳴子章吉らチームメイトとしのぎを削り成長した彼は、総北自転車競技部の全国大会＜インターハイ＞メンバーに選ばれる。栄光を求める全国の強豪が一堂に揃う、過酷なレースがスタートを切った。己の誇りのために走る者。ライバルを超えるために走る者。“勝利”だけを欲しすべてを削って走る者。過去の復讐に燃える者。そしてチームのために想いを積んで走る者―。インターハイ総合優勝のゴールラインに最初にたどり着くのは、果たしてどの選手、どのチームか―。
アニメやフィギュアが大好きなオタク少年・小野田坂道は、入学した総北高校で、中学時代に自転車ロードレースで名を馳せた今泉俊輔と鳴子章吉と出会う。坂道は、小さな頃から自転車で毎週往復９０ｋｍの秋葉原通いで知らずのうちに鍛えられた自転車の才能、高回転＜ハイケイデンス＞なペダリングを彼らに見出され、自転車競技部の門を叩く。今泉や鳴子、そして金城、巻島、田所ら実力派の先輩たちとの練習でどんどん才能を伸ばしていった坂道は、意外性の力を見込まれ全国大会＜インターハイ＞のメンバーに”クライマー”として選出される。”全員がエース”という最強チーム、王者・箱根学園や、今泉が激しく敵対視する”怪物”御堂筋を擁する京都伏見高校など、全国の強豪校が揃う、３日間に及ぶ過酷な戦い。チーム全員の想いが詰まったユニフォームジャージを真っ先にゴールに届けるため、チーム総北は力の限りペダルを回し、疾走する！
