かつて世界征服を目論む悪の天才科学者Ｄｒ．ヘルによって滅亡の危機に瀕した人類。しかし“鉄（くろがね）の城”と呼ばれたスーパーロボット“マジンガーＺ”を操る兜甲児とその仲間の活躍により、平和な時を取り戻していた。そして世紀の戦いから１０年―。パイロットを離れ科学者となっていた兜甲児はある日、富士山地中に埋まった超巨大遺跡インフィニティと、そこから現れた謎の生命体リサに遭遇する。そして、時を同じくして謎の復活を遂げたＤｒ．ヘル。彼は無限の可能性を秘めるインフィニティで、かつての野望を完遂しようとしていた。有史以来最大の危機、絶体絶命の状況の中、伝説のパイロットがマジンガーＺと共に再び立ち上がる。
かつてエーゲ海に君臨し、脅威の機械化文明を誇った古代ミケーネ帝国。ドクター・ヘルの機械獣を作った存在でもある彼らが、ついに地上世界支配に乗り出した。闇の帝王を頂点に、暗黒大将軍やアルゴス長官といった大幹部、そして七大将軍率いる戦闘獣軍団という一大帝国に対し、敢然と立ち上がったのは兜剣造と科学要塞研究所。その最大の戦力は、マジンガーＺをも超えた新勇者・グレートマジンガーである。マジンガーＺ最大の危機を救った剣鉄也とグレートマジンガーは、甲児とＺの後を引き継いで世界防衛の最前線に立つと、女性パイロット・炎ジュンと彼女のスーパーロボット・ビューナスＡと共に、ミケーネ帝国の戦闘獣との激戦を展開する。果たして人類は、未曾有の危機に打ち勝つことが出来るのか！？
地下帝国を支配する狂気の科学者・ドクターヘル。恐るべき機械獣軍団を完成させた彼は、世界征服に乗り出すことを宣言する。だが、野望を阻む邪魔者がいた。日本人の大科学者・兜博士だ。光子力という新エネルギーの抽出に成功した博士は、ドクターヘルの野望と機械獣の秘密を知るただ一人の人間でもあった。そこでドクターヘルは、腹心のあしゅら男爵を呼び寄せ、機械獣を操るバードスの杖を与えて兜博士の抹殺を命令する。海底要塞サルードで日本へ向かったあしゅら男爵は、もくろみ通りに博士が別荘に滞在していることを聞き出す。孫の兜甲児が駆けつけた時は既に遅く、別荘は爆破され、博士は志半ばにして息絶えようとしていた。博士は最後の力を振りしぼり、密かに開発していたマジンガーＺを甲児に託す。ドクターヘルの野望を砕くために作られた、光子力で動く巨大ロボットだ。マジンガーＺに乗り込んだ甲児は、次々と襲い来る悪の機械獣に敢然と立ち向かってゆく！
