「頭神（かしらがみ）の森」で、身元不明の自殺死体が発見された。その死体は、背中の中に入っていたミルクとパンの品質保持期限から、四年前に自殺したものと推測される。依頼を受けたコナンと小五郎は、早速調査に出かけるが、依頼主のいる旅館に着くと、なんとすでに名探偵・毛利小五郎は到着しているという。一体、誰がなんのために小五郎の偽物を演じたのか？しかもその小五郎の偽物は、旅館の部屋の中で首をつって死んでいるのが発見された。多くの謎が絡み合い、事件が迷走する中、コナンは推理を始める
オレの名は工藤新一、ちょっとは名の知れた高校生探偵…だったはずなのに！？気がつけば、いつの間にやら小学生に逆戻り。子供の姿でも頭は大人、小っちゃいなりに難事件を解決だ！なんたって真実は、いつもたった一つなんだから！！
オレの名は江戸川コナン。だけど、本当の姿は高校生探偵工藤新一さ。オレを子供の姿にした黒ずくめの男たち、せっかく奴らを見つけたのに…。お次は大阪からまたまたアイツがやって来た！何かイヤな予感がするんだな…。
本当は楽しい高校生活がオレを待っていたはずなのに。実際のところは…血なまぐさい殺人事件ばっかりが、オレの心を悩ませる！？甘い恋の悩みなんてのが、あって当然なんだけど…。おっと蘭ねえちゃん、どこ行くの！？
正体隠して探偵稼業。何とか事件は解決できてはいるけれど、そろそろ蘭も怪しんでるに違いない！？だけど、だけど…コナンが工藤新一だなんてこと、やっぱり誰にも言えないぜ！！
コンサート会場でカンケリ遊び！？そこでTWO－MIXの高山みなみちゃんと遭遇だ！ところがここから事件発生！みなみちゃんが誰かにさらわれた！！またもや少年探偵団にかり出されちまった…。でも、彼女の声、誰かに似てる…！？
今回の事件は本当に参った…。みんなは待ってたかもしれないが、オレにとっちゃ実に厄介な相手だったぜ…。とにかく、怪盗VS名探偵の大勝負、じっくり楽しんでもらおうか！！
真夏の海で何かが起こる！？いろんな人のいろんな思惑が絡み合い、灼熱の太陽が照りつけるなか、誰かの身に危険が迫る…。真実を海の中に逃がさぬように、コナンが殺意をあぶりだす！！
奇妙な転校生がやってきた…。なんとオレの正体が新一だって知ってるぞ！一体こいつは何者なんだ！？同時にニセ札事件も発生だ！敵か味方か、見当もつかない謎の少女…奴の本当の名前は何！？
平次に誘われ大阪へ。のんびり食い倒れを楽しむはずが、殺人事件に巻き込まれ、大阪の街を西へ東へ大移動！！こんな形で観光することになったけど、平次のルーツをしっかり見たぞ！！
少年探偵団のみんなと国立競技場でサッカー観戦をするコナン。ところが、拳銃を所持した凶悪犯が、テレビ中継中の日売テレビに観客の身代金を要求する事件が発生した！コナンは現場に駆け付けた目暮警部と共に、観客席を映すモニターの中から犯人を捜し出そうとする。試合終了まで残り数分。犯人は、どこだ！？
