体は小さくたって頭脳はパワフル！！次から次へと起きる謎の事件を名推理で解決するぜ！！でも黒ずくめの男達の正体を暴いて、早く元の姿に戻りたいんだ！蘭のためにもね！！俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！
ある日、キャンプに出掛けたコナンたちは、道に迷い怪しげな孤城へと到着する。そこでコナンは隠し扉を発見したのだが、その瞬間背後から何者かに襲われる。コナンを捜して大騒ぎする少年探偵団の仲間たち。この城には財宝がたくさん隠されているというのだが…。コナンの行方は！
結婚式前夜の森園邸に招かれたコナン達は、そこで思わぬ殺人事件に遭遇した。殺されたのは森園家の執事・重松。現場の状況を調べた平次とコナンは、事件が密室殺人であることに気付く。しばらくして目暮警部が到着し、警察による現場検証が始まる。その様子を見ていた平次とコナンは、互いに、事件を解くためのキーワードが4つあると確認しあう。ところが、その時…
阿笠博士にもらった割引券で、映画を観に来たコナンたち少年探偵団。子供のころにさんざん観た怪獣映画に、コナンはいささか退屈ぎみ。休憩時間に売店に立ち寄ったコナンたちは、その映画館が今日の上映終了後、閉館する予定にあることを知る。その背後には、映画館の跡地を高く売ろうとする不動産屋・張田が絡んでおり、彼の度々の嫌がらせのため、客足もすっかり遠のいていたらしい。2本目の映画を観るコナンたち。ところが途中、スクリーンに黒い影が写り、映画は中断される。照明を取り戻した館内でコナンたちが見たものは……
元太、哀、歩美たちと学芸会の練習をしていたコナンは、脱走犯とそれを追いかける佐藤・高木刑事と出会う。佐藤刑事は追跡の末、古いビルの一室で犯人を捕獲するが、脱走犯は無実を主張。身動きがとれなくなった佐藤刑事に代わり、高木刑事とコナンたちは真犯人捜しを始めるが……。
トロピカルランドのスケートリンクに遊びにやって来た蘭、園子、コナンは、リンクでクレー射撃仲間だという男女と出会う。リンクのそばのトイレに行った園子は、死亡している女性を発見！彼女はクレー射撃仲間のひとりで…！？
銀行強盗たちに腹を撃たれ、病院へ運ばれたコナン。多量の出血を伴う重傷だったが、なぜかコナンの血液型を知っていた蘭からの輸血で、一命を取り止める。意識を取り戻したコナンは、蘭が自分の正体に気付いていることを確信する。全てを打ち明けるべきか、このまま正体を隠すべきか迷うコナン。そこに灰原が現れ……？
軽井沢に避暑に来た小五郎、蘭、コナンはそこで偶然英理に出会った。英理も弁護士仲間数人と、軽井沢に遊びに来ていたのだ。みんなで飲んで盛り上がったその夜、小五郎の部屋で女性弁護士・碓氷律子の死体が発見される…
キノコ狩りに出かけたコナンたち“少年探偵団”と阿笠博士。だが、途中で元太がはぐれてしまった。その元太を捜すため二手に分かれて狩猟区を捜索中、灰原と光彦がなんと射殺死体を発見。犯人に追われてしまう。二人は持っていたポテトチップを落としながら、コナンたちに居場所を教えようとする。一方、自分たちと行動を共にする3人のハンターの行動がどうもおかしいと睨んだコナンは、その中に犯人がいると狙いを定めた
都心で起きた連続女性殴打事件。被害者はいずれもガン黒の若い女だった。コナンは被害者たちの様子を見て、妙な違和感を覚えるが、それが何かなかなか思い当たらない。そしてその違和感こそが、事件を説くキーポイントだった。事件を捜査するうち、その違和感の原因に気がついたコナンは、一気に解決へと乗り出す
新幹線で被疑者を護送中の佐藤・高木刑事。トイレに行きたいという容疑者をトイレに連れていくと、トイレの中で被疑者はナイフで自分の腹を刺して死亡してしまった！自殺かと思われたが、これは立派な殺人事件のようで…！？
