夏の甲子園予選1回戦。共に復活を目指す明青と健丈（旧須見工）の戦いは立花兄弟バッテリーと健丈の4番・赤井を中心に白熱した展開へ！復活への第一歩を踏み出すのはどちらだ！？
今大会注目のスラッガー・赤井を擁する健丈高校を、一年生バッテリー立花兄弟の活躍により撃破した明青学園！世間の注目も日に日に増していく彼らの、快進撃はいつまで続く…！？意外な事実なども発覚しつつ…夏、深まります。
気づけばベスト8進出の明青学園！ふくらむ周囲の期待とざわつく世間。しかし、初戦からの連投が続く投馬の疲労はたまっていく一方で…強敵・東秀高校との再対決に向けての準々決勝、大山監督は、ある「賭」に出る…！！
ついに辿り着いた東東京大会準決勝！東秀高校の怪物投手・三田を前に圧倒的不利と思われた明青学園だが、投馬の快投によって両校無得点、まさかの接戦が続く…！しかし、元々は明らかにチーム力の劣る明青。微妙に戦況は変化していき、そして………………………！？
両投手譲らぬ東東京大会準決勝戦は、最後は明青のエース立花投馬のエラーで、延長14回の激闘に幕を下ろした。そして夏が終わり、再起を目指す明青野球部に、ちょっとワケありな入部希望者が…！？更に、投馬の野球人生に関わる、とある重要人物の存在が明らかに…
30年振りに…あのキャラ登場！！夏の大会で投馬たちを破った東秀は見事甲子園へ！ そしてライバルの健丈・赤井は春の選抜で新ヒーローに…！やって来た四月、負けられない明青学園には、頼もしい新入生たちがやって来る！！しかし、やって来るのはそれだけではないようで…？
明青VS健丈（元須見工）、因縁の一戦！音美のあわや交通事故の難を救った謎の男…その名は原田正平！30年前にこの街に暮らし伝説を目の当たりにした男は…明青野球部に一体何を見るのか…そんな中始まる、明青VS健丈、因縁の一戦！！先のセンバツのヒーロー、赤井が立ちはだかる！！
明青VS健丈（元・須見工）白熱！！絶対に負けられない緊張の一戦の中、夏野の好投でなんとか踏ん張る明青学園…そんな中、遅れて到着したエース・投馬！強豪校相手に圧巻のピッチングを見せる！！2年目の夏に向けて順風満帆に見える、明青野球部だが…？！
投馬VS走一郎？！兄弟投手戦…！！明青学園、白熱の紅白戦！！紅組ピッチャー、夏野の負傷により、走一郎が急遽登板…図らずも立花兄弟の投げ合いとなった！今や絶対のエースとなった投馬。その投馬に劣らない才能を持ち、かつてはピッチャーだった走一郎。軍配は一体どちらに？！そして気付けば、季節は夏。甲子園への2度目の挑戦を前に…明青学園が何かと騒がしい。
立花兄弟、高校2年の夏、始まる。投馬と走一郎の二度目の夏がやって来る。注目の兄弟バッテリーに、走攻守充実のナイン。今年はシード校として大会に臨む明青学園に……死角ナシ？！”二度目の奇跡”は起こるのか…？！
明青、快進撃！立ちはだかるのは…！？盤石の状態で夏の大会を軽快に勝ち上がる明青学園！しかし熱さが増していくにつれ、積み重ねた夏の歴史と記憶が蘇ってくるのです。健丈、勢南、そして…栄新？今年の夏は…今年の夏こそ…！
