風林×大尾の連合ナイン、最後の大会へ!!茂野大吾も遂に中学3年生。風林×大尾の合同チームで、「負ければ引退」の夏大会へ挑む!しかし初戦から、かつてのチームメイト・卜部&アンディを擁する清和中学と対戦する可能性が・・・!?
風林野球部の新監督は、まさかの佐藤寿也!不在だった大吾たち風林ナインの新監督に、あの、佐藤寿也が就任!さっそく始まる「寿也マジック」・・・大吾たちの練習相手に茂野吾郎を呼び、技能テストでは思わぬ選手に投手の才能を見出す!春の大会へ向け本格始動した新体制のチーム。一体どうなる!?
風林中と“あの強豪”が、合同チームに!?野球部を嫌う江頭が、練習場を潰す計画を進めていることが判明!宿敵の用意周到な罠を前に、絶望に打ちひしがれる寿也監督・・・・・・しかし吾郎が、打開策として“ある中学校”との合併案を思い付く――!!
茂野大吾と眉村道塁が、チームメイトに!!風林中と、眉村道塁を擁する強豪・大尾中の“合同ナイン”が結成!!!唐突なライバルの加入に、睦子の心は激しく揺さぶられる――・・・部内の雰囲気が大きく変わる中、さらには冬合宿の実施も決定し!?茂野ジュニアと眉村ジュニアが、まさかの同じチームに!一体どんな科学反応が起きるのか――!?新メンバーが2人加入し、“女子9人”となった風林野球部!冬合宿、そして春大会に向けて突き進む!!
風林×大尾ナイン、初試合の相手は海堂中!大吾率いる風林中と、道塁を擁する大尾中の“合同ナイン”結成。迎えた冬合宿の初日、練習試合の相手校として姿を現したのは、吾郎を苦しめた伝説の強豪校、あの「海堂」だった――!!!
約1年ぶりの最新巻!宿敵・海堂戦、決着!風林中×大尾中“合同ナイン”VS強豪・海堂、ついに決着! 冬合宿を終え、春に向けてさらなる成長を目指す大吾たちだが、佐藤寿也監督にまつわる予想だにしない問題がチームを襲う…!?
風林×大尾合同チーム、解散の危機――!?メディアに取り上げられ一躍有名になった寿也監督と風林大尾。その影響で新入生向けの体験入部会は、想像以上の数の希望者が!だが、部員の増加は風林×大尾合同チームの解散を意味して…!?