首都圏を襲った謎の霧の正体は、黒い幽霊の娘（ファントム・ドーター）がチルドレンをおびき寄せるために撒いた、強化アレルゲン杉花粉だった。彼女を追跡する皆本たちだが、相手の攻撃を受け、薫が顔から大量に出血し倒れてしまう。もっともそれは催眠能力で見せた幻覚で、実際には薫はほとんどケガしていなかったのだが…
JKになったチルドレン。任務を頑張る彼女たちの学校に、兵部京介生徒会長が乱入！新たなバベルメンバー・松風がひとり、戦いを挑むことに！！
連載開始から十周年、こんなに大きくなりました！新人指揮官・松風、初の単独任務へ・・・過酷な環境が襲いかかり、松風の○○がピンチに！
襲い来る黒い幽霊。松風の体をはった活躍により辛くも退けるが、学園にさらなる魔の手が忍び寄る…！生徒会長・兵部京介の推理が冴える！？
松風が指揮官としての成長を遂げてゆく中、新たなる力がバベルに加わる。第4のチルドレン、雲居悠理・・・かつて、黒い幽霊に反旗を翻した少女が未来を変えるために戦列に！
ついに薫と悠理のデート作戦が開始。暴走する腐女子・パティの妄想力！そんな平和の裏で黒い幽霊が動き出す・・・バベル内部に仕組まれた罠。兵部の推理がたどり着いた先には・・・
バベル内を侵食する、黒い幽霊の策略…冬眠から目覚めた不二子は突如、皆本と賢木をザ・チルドレンの担当から外すという異動命令を下す。その移動先は、まさかの宇宙！？今や黒い幽霊の首領となったギリアムの思惑通りに、このままバベルはバラバラになってしまうのか…！？
不二子に続き、黒い幽霊の策略によってその精神を汚染されるパンドラのナンバー2・真木…堅牢な箱だったはずのパンドラに入る黒い亀裂。兵部はそんな真木を、実力を持って排除しようとする。父と子のような、兄と弟のような2人に、もはや戦うしか道は残されていないのか！？
不二子に続き、黒い幽霊の精神汚染のターゲットとなったのは、パンドラのナンバー2にして、兵部の右腕的存在の真木だった。汚染を解くためには、真木の精神世界に潜り、培ってきた「絆」を思い出させることだと判断した兵部だったが、その汚染は想像していたよりも遥かに根深く………黒い幽霊の攻勢に対抗するためには、助けが必要だと判断した兵部が接触するのは、当然あのチームで！？
兵部の目の前で自らの頭を撃ち抜いた不二子！！これこそがギリアムが兵部に見せたかった「絶望」…一刻の猶予もないなか処置を急ごうとする一行の前に、汚染されてしまったあの男が立ち塞がり…！？ザ・チルドレンが未来に紡ぐ物語、高校生編前編クライマックスへ―――！！
高校生編後編、物語の最終章に突入！！世界中に広がる黒い幽霊による汚染。ザ・チルドレンの仲間も不二子を筆頭に多くが汚染されてしまい、バベルは瓦解。さらには皆本と賢木がギリアムにより拘束されてしまい、追い詰められたチルドレンは、兵部率いるパンドラと合流し攻勢の黒い幽霊に対抗しようと行動を開始する。暫定的に「女王」となった薫を待つ未来は…！？SFアクションコメディー大作、いよいよ最終章に突入です！！
