氷川ケミストリィでされた姉・はづみの容態もひとまず落ち着き、つとむは夏休みの課題に追われていた。だが一方では、徹底した捜査にも関わらず、依然として氷川は行方不明。氷川ケミストリィに強制捜査が入り屋敷ごと焼却されるも、当の本人は、人目に付かない地下室で不適な笑みを浮かべていた…
廃墟マニアの千川つとむは、友人二人と山の中にあるホテルの跡にやって来た。だがそこには不気味な男たちが潜んでいた。彼らの正体は遙かなる宇宙からやって来た、ギーガーをはじめとする凶悪なテロリストたち。そして彼らを追う宇宙連邦警察の女性捜査官・バーディーもその場に現れた。ところがギーガーを攻撃しようとしたバーディーは、誤ってつとむを撃ってしまい…？
春休み最終日。平和な日常を満喫しながら、近所を散歩するつとむ（＝バーディー）は、幼なじみの早宮夏美に出会う。勘のいい夏美は、つとむに起こった変化を感じとる。秘密がバレないか気を揉むバーディーとつとむだが、そんな2人（？）を尾行する怪しい影が…！？
自宅マンションを爆破されて以来居場所を転々と変える室戸を見つけ、直接接触を図るバーディー。ようやく多少の信頼を取り結び、お互いの情報を交換し始める…。そのころ渋谷警察署では、留置されていた男が狂乱状態で、警察官を殺し夜の街へと走り去っていった！！
抹殺したはずのバチルスが生きていたことが分かり、バーディーは自らを囮にバチルスをおびき出す作戦を開始した。一方のバチルスも、つとむに付きまとっていた刑事・永瀬の体を乗っ取り、執拗にバーディーを探し続けていた…
夏美が謎のアメリカ人たちに拉致され、廃ビルの一室に監禁された。彼らは薬物を用いて、つとむに関する記憶を彼女に自供させようとするが、そこにバーディーが駆けつけてくる。相手が普通の地球人と思ったバーディーは手加減して抑えようとするが、実はこの連中、身体の一部を機械化したサイボーグ人間で…
レビ討伐をめぐり、連邦警察内部で地球人を巻き込んでの軍事行動に踏み切るべきか論じられている頃、つとむの周囲では特に事件もなく平穏な日々が続いていた。だが、千明が体育の授業中に人間離れした素早さを見せたり、彼の脇腹の銃創がきれいに消えていたりと、またまた気になる異変が現れて…
スピリッツという薬物を投与し、人体兵器の製造をしていた真僕会病院から、実験台にされていた千明を助け出したバーディー。一方、病院側と氷川は、バーディーとの再戦に備えて分析を開始する。さらに、千明の変わりとなる””Cサンプル””提供者が必要となったことから、氷川は一人の女性を連れてきて…
ある夜突然、千明の家をリーが訪れた。体の異変に悩む千明に、リーは「自分が何者か知りたくないの？」と動揺を誘い、明朝自分の家へ来るように言い残して立ち去る。同じころ、バーディーは千明の検査結果を上司に尋ねるのだが、アルタ人の遺伝子を持っていることが分かっただけで、治療法は期待できないと言われてしまい…
千明の監禁場所を廃病院にしぼり、一箇所ずつ捜索することにしたつとむ（バーディー）。その中の一つ「根来小児科」跡に入ったところ、外見は幽霊屋敷のような廃墟なのに、天井には作動中の監視カメラが設置されていた。隠し部屋から何者かに見られていることを悟ったバーディーが、建物の壁や床を片っ端から拳でぶち抜いていくと…？
ゴメスの自宅に匿われている千明が書斎で調べものをしていると、ゴメスの娘・讃良が入ってきた。いつ自分が怪物に変身するか分からない千明は、彼女に注意を促しながらも、親しく話を始める。一方、千明の居場所を探しているつとむ（バーディー）の疑いの目は、ついにゴメス宅に向けられて…
