3年ぶりに出現した獣人（ビースト）を素手で撃退した防衛省の第4特務自衛隊。彼らはバーディーたち地球外生命体（アンノウン）と戦うため、「アグニケミカル」の開発した新薬ヴォルタミンにより肉体を強化した部隊であった。その「強化兵計画」で弟をに使われた高柳縁は、アグニを告発しようとして消された。つとむは彼女の実家を訪れ、娘の死を受け入れられず憔悴しきった母親と対面する。そして、アグニの悪事を暴くことを改めて決心するのだった！
日米政府がついに、宇宙人の襲来を公式発表。レビの引き渡しを求めて地球を訪れた連邦からの使節船に“侵略者”という刻印を押した米軍は、偵察艇を撃墜。一方、バーディーは「禁書」と呼ばれる存在を追うことを上司に命じられ…！？偶然の産物か、人類の必然か。新たな時代の幕が開く！！連邦の使節船が到来し、レビの抱える思いが明かされ、絡まりあった謎がひとつずつ核心へ！！
連邦から到着した巨大な宇宙船が東京湾に停泊。レビの引き渡しを求める連邦の使節団と、奇しくも日本政府主導で交渉せざるをえない事に…一方、レビが秘密裏に保持する「連邦の禁書」、その封印を解く時が訪れた。連邦の秘密が記されている、とされてきたその中身にはなぜか“未来”が綴られた中杉の日記が封入されていた！！更なる謎を呼ぶ、中杉の日記の内容とは…？
地球変貌の刻、迫る！奥の院を崩壊させるために犯罪者に成り果てたレビ。奥の院の原型を創り出してしまう中杉。連邦を支配する「奥の院」という存在に振り回される連邦と地球、そしてレビと中杉の決意に対し、バーディーとつとむは如何なる未来を切り拓く－－！？無敵の二心同体SF巨篇、完結の第13集！！
