依然植物状態のまま、エグリゴリの中枢・アリスの世界に迷い込んだ武士は、そこで騎士（ナイト）と名乗る男と遭遇した。騎士は「汝が勇気を持つ者なら、我とともに来たれ。悪しき者たちの王、我が宿敵にして世界の破壊者、ジャバウォックを倒すために」と、武士に告げる。
高槻涼は進級したばかりの高校二年生。始業式のその日に現れた転校生・新宮隼人は奇妙な左腕を振りかざし、突然涼に襲いかかった。さらに、対峙する二人の前に、謎の男・爪（クロウ）が現れる。爪が涼の幼なじみ・カツミを傷つけようとしたまさにその時、涼の右腕が…！？その腕が掴むものは…神の未来か、悪魔の過去か…！！
涼と隼人、二人のアームズの前に、三人目のアームズ・巴武士が現れる。そんな彼らを狙うエグリゴリの次なる刺客は、学校に異常な恨みを持つ「チャペルの双子」アルとジェフ。プラスとマイナスの二体のサイボーグを駆使し、学校を火の海へと陥れる。
アームズの、エグリゴリの謎を探るため、涼、隼人、武士が旅に出る。行く手に待ち受ける真実とは…！？そして、押しよせる新たな敵・C．Tと鐙沢村民。絶対絶命のピンチのなか、カツミの身に…！？圧倒的迫力でつづられた第一部「覚醒編」完結！
消えたカツミを捜し求める涼に同行する隼人、武士、アル。そんな彼らの前に現れたカツミそっくりな少女・恵（けい）こそが四人目のアームズだというのだが…！？反エグリゴリ組織「ブルーメン」とは…！？謎が謎を呼ぶ新展開、第二部突入！
隼人たち仲間を人質に取られてしまった涼は、単身、指定された遊園地に乗り込む。最初の敵は倒したものの、次に現れた男・キクロプスに苦戦。このキクロプスはすべてを透視できるうえに、視界にあるものすべてを焼き尽くす能力を持っていた。
新たな刺客・レッドキャップスは、涼たちの住む街・藍空市の情報を混乱させ、通信手段を断絶、さらに物理的に外部とつながる橋をすべて破壊。藍空市全体を舞台に大規模な包囲網を作って、戦争を仕掛けてきたのだった。
戦いのなか「ナイト」を覚醒させた隼人はキース・レッドを粉砕し、家族を殺された復讐もようやく終わった…と安堵する隼人に、死にゆくキース・レッドが不可解な言葉を浴びせる。その頃、武士は、ガウス・ゴールの仕掛けた中性子爆弾を発見して…！？
鐙沢村で死んだと思われていたカツミが、アメリカのエグリゴリの施設に捕われているという情報を得た涼たちは、すぐさまアメリカへ飛んだ。そして、ブルーメンと連絡を取るため、ギャローズ・ベルという町に立ち寄ることになるが…！？
ハウンド部隊との対決を制した涼たちは、町の地下研究施設に保管されていた金属生命体・アザゼルを見つける。「宇宙から飛来した、このアザゼルを複製することによって、ARMSは生みだされた」というアルの言葉に、涼たちは驚きを隠せない。
涼、隼人、武士、恵を捕獲しようとアメリカ最大の戦力・イプシロンが襲来してきた。危険を感じた涼たちは住民を脱出させるため、前線に向かうが、そこへキース・シルバーが現われる。前線に残り瓦礫の中で必死に戦う涼と武士だったが…！？第三部「進化編」完結！
