依然植物状態のまま、エグリゴリの中枢・アリスの世界に迷い込んだ武士は、そこで騎士（ナイト）と名乗る男と遭遇した。騎士は「汝が勇気を持つ者なら、我とともに来たれ。悪しき者たちの王、我が宿敵にして世界の破壊者、ジャバウォックを倒すために」と、武士に告げる。
エグリゴリの船に乗り込んだ風（ウインド）は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…！？壮大なる熱きドラマ、堂々の完結！！
