結界に囲まれた火影の隠れ屋敷で、火影に関するすべての事情を聞かされた烈火たち。その信じられない真実に驚く暇もなく、紅麗配下の導具使いたちが襲いかかってきた。現れたのは「三羽烏」を名乗る3兄弟。それぞれが操る魔導具「嘴」「爪」「羽」の威力とは…！？
花火師である父親と2人暮らしの少年・花菱烈火は、「忍者」に強い憧れを抱く高校1年生。地元では負けナシと恐れられている同級生・石島土門をも一蹴してしまう烈火は、日頃から「ケンカでオレに勝ったらその人の『忍』になる」と公言しているものの、いまだに自らの君主を見つけられずにいたが…。400年の時を超えた因縁を巡る戦いが幕を開ける！炎を操る烈火が繰り広げる、長編忍術スペクタクル！！
夢で見たお姫さまにそっくりな女の子・佐古下柳を守っていくことに決めた烈火。謎の女性・影法師の出現により、幼なじみの風子や「閻水」という不思議な水の剣を操る少年・水鏡との戦いを強いられていく烈火たち。そして、その果てには熾烈極まるさらなる戦いが待ち受けていた！
紅麗配下の導具使い・小金井と木蓮の襲撃を受け、誘拐されてしまった柳。紅麗の館で目覚めた柳は、「永遠の命」を欲する森光蘭のあさましい陰謀を知ることになる。なんでも、森光蘭は「柳の治癒能力に『永遠の命』へのヒントがある」と考えているらしいのだ。一方、病院のソファで目覚めた烈火は、柳が誘拐されたことに気づいて…！？
烈火と紅麗の力の差は歴然。烈火は最後の手段として、炎のパワーをセーブする手甲をはずすことに。烈火の腕から解き放たれた「八俣の火竜」の勢いは、紅麗の「紅」をもしのぎ、紅麗撃退に成功する。無事に柳と再会した後、影法師が烈火の出生の秘密を明かす。想像を絶する真実に、烈火の頭の中は大パニック！
麗（幻）チームの次鋒として、再び烈火たちの前に姿を現した木蓮。幻獣朗の心霊医術により合成獣・人面樹と化したその強さは凄まじく、為す術なく敗北したチーム火影の先鋒・小金井はそのまま養分として彼の体内へと取り込まれてしまった。怒りに燃えるチーム火影は、次鋒・水鏡が木蓮との戦いに臨む！
木蓮との戦いで負傷した水鏡に代わり、副将戦に臨んだ烈火。だが、対戦相手の瑪瑙はどう見てもフツーの女の子。父親を人質に取られ、泣く泣く戦う瑪瑙を見た烈火は、元凶である幻獣朗への怒りが爆発！十神衆のひとりである幻獣朗は、密かに麗の首領の座を狙う野心の持ち主で…！？
自らの命と引き換えに凄まじい破壊力を生み出す、音遠の最終必殺技「葬送曲」。裏武闘殺陣の会場すら簡単に吹き飛ばすほどの破壊力を誇るこの技の発動を阻止できるのは、もはやリング上の烈火と水鏡のみ。だが、紅麗を想う音遠の純粋な心に打たれた烈火は、音遠への攻撃を躊躇してしまい…！？
裏武闘殺陣・準決勝の相手は魔元紗率いる麗（魔）。引き分けに終わった小金井対月白に続いてリングに上がった烈火は、人マネ忍者・火車丸に烈火しか操ることができないはずの「火竜」を使われて、いきなり大ピンチに。ところが、そのとき6匹目の竜「塁」が出現する！
準決勝の真っ最中、闘技場の外に出た柳の前に現れたのは、なんと闘技場で土門を相手に戦闘中であるはずの魔元紗だった！柳の悲鳴を聞いて駆けつけた烈火の応戦で、ひとまずは事なきを得るが、不死身の魔元紗には烈火の「火竜」による攻撃でもダメージすら与えられず…！？
