Dr．ドゥームの過去を目撃せよ！！ウルトラマンの世界に、強敵ドクター・ドゥームと共に紛れ込んでしまったスパイダーマン。彼を待っていたのは偉大なるヒーロー、ウルトラマンとドゥームと手を組んだメフィラス星人！しかも、ウルトラマンの力に目を付けたこのヴィランたちにその力を奪われてしまう。そして、己の野望を隠さないドゥームがメフィラス星人にも牙をむく。アントラー、レッドキング、ゴモラの3大怪獣とのバトルから始まる第3巻ではDr.ドゥームの過去と野望がついに明るみに！
日米2大ヒーロー、集結！日米強力タッグがついに実現！あのウルトラマンとスパイダーマンが、超注目の宿敵Dr．ドゥーム、メフィラス星人と激突する！正義とは？ヒーローにとっての永遠のテーマに揺るぎ無い答えを出していく、新たなるサーガの誕生だ！
ドゥームVSメフィラス星人、勃発！日米強力タッグのウルトラマンとスパイダーマンが、超注目の宿敵Dr．ドゥーム、メフィラス星人と激突する！正義とは？ヒーローにとっての永遠のテーマに揺るぎ無い答えを出していく、新たなるサーガの誕生だ！第2巻には、怪獣ギャンゴ登場！さらにフジ隊員にも大変なことが・・・！さらに、ドゥームの野望が動き出し、メフィラス星人も欲望を露わに・・・。そんな中、ウルトラマンに最大のピンチが訪れる・・・
