スパイダーマンがいよいよドゥームと対決！人類をウルトラマン化させるべく、実験を開始したドクター.ドゥーム。しかし、ほとんどの人間はウルトラマンの力に適合できず死んでしまう・・・。そんな中、ドゥームのアジトに侵入したスパイダーマンはいよいよドクター.ドゥームと対峙する。激しいバトルの中、ウルトラマン化した人類や怪獣ガボラも現れ・・・。血で血を洗うバトルを目撃せよ！
日米2大ヒーロー、集結！日米強力タッグがついに実現！あのウルトラマンとスパイダーマンが、超注目の宿敵Dr．ドゥーム、メフィラス星人と激突する！正義とは？ヒーローにとっての永遠のテーマに揺るぎ無い答えを出していく、新たなるサーガの誕生だ！
ドゥームVSメフィラス星人、勃発！日米強力タッグのウルトラマンとスパイダーマンが、超注目の宿敵Dr．ドゥーム、メフィラス星人と激突する！正義とは？ヒーローにとっての永遠のテーマに揺るぎ無い答えを出していく、新たなるサーガの誕生だ！第2巻には、怪獣ギャンゴ登場！さらにフジ隊員にも大変なことが・・・！さらに、ドゥームの野望が動き出し、メフィラス星人も欲望を露わに・・・。そんな中、ウルトラマンに最大のピンチが訪れる・・・
Dr．ドゥームの過去を目撃せよ！！ウルトラマンの世界に、強敵ドクター・ドゥームと共に紛れ込んでしまったスパイダーマン。彼を待っていたのは偉大なるヒーロー、ウルトラマンとドゥームと手を組んだメフィラス星人！しかも、ウルトラマンの力に目を付けたこのヴィランたちにその力を奪われてしまう。そして、己の野望を隠さないドゥームがメフィラス星人にも牙をむく。アントラー、レッドキング、ゴモラの3大怪獣とのバトルから始まる第3巻ではDr.ドゥームの過去と野望がついに明るみに！
