「俺は走る!俺が嫌でもこいつが、マシンハヤブサが走るんだ!」(剣)魔王エイハブが率いるレーシングチーム・ブラックシャドー。勝つためなら手段を選ばぬ悪党どもを相手に、西音寺レーシングチームが立ち上がった。剣はハヤブサ号を操り、ブラックシャドーの切り裂きジャックに勝利する。予期せぬ結果に怒ったエイハブは、剣をオーストラリア横断レースに招待し、卑劣な罠をしかける。
「レースだから正々堂々と戦いたいのよ」(ロミー)切り裂きジャックの敗北に怒った魔王エイハブは、西音寺レーシングチームを叩き潰すため、新たな挑戦者として女性レーサーのロミーを日本へ差し向ける。剣は博士に無断で、経験のないヒルクライムレースへの参加を承諾。特訓を重ねてチーム全員で参戦するが、エイハブの罠にかかり、苦境に立たされてしまう。
「これでこのレースは、ブラックシャドーの切り裂きジャックの優勝と決まったぜ!」(ジャック)ルマン王国主催のレースに参加した西音寺チーム。戦場となるのは、一度迷えば二度と出ることのできない地獄の大鍾乳洞サーキットだ。ところが切り裂きジャックが国王の持つコース設計図を盗み出し、剣たちに妨害工作をしかけてくる。一度は諦めかけた剣だったが、仲間たちの友情に応えるため勝利をめざす!
「抜く気はねえよ、殺す気はあるがな」(ハリー)打倒ハヤブサの命を受けたバロンは、レース界から追放されていたハリケーン・ハリーをブラックシャドーの一員に迎える。零下50℃の大氷原を舞台に、ハリーと剣の一騎打ちが始まる。必殺技で剣を狙うハリー。一方、ハリーとの争いに敗れてクビになったホーマーは、エイハブの殺害とブラックシャドー乗っ取りを企む。
「出るなといっても飛び出していく奴だ、あいつは」(博士)魔王エイハブからアグナリアレースへの招待状が届いた。ゴーストタウンを改造し、無人の作業車やダイナマイトが仕掛けてある中を走り抜ける命がけの危険なレースだ。しかも、数々のトラップを操作するのは人間ではなく猿だという。それでも剣は、参加を決意。ヤマトと共に陰謀渦巻く死のレースに挑んでゆく!
「しまった、あいつらもブラックインパルスだったのか!」(剣)チームプレーで相手を死に追いやるブラックインパルスに、レースの神様と呼ばれるトムソンが命を奪われた。剣は兄にレースの手ほどきをしたのがトムソンだと知り、仇討ちを決意。一方、狡猾なバロンは切り札として、もう一組のブラックインパルスを用意していた。チームプレーにはチームプレーで対抗するしかない!
「俺にはできない、あいつを殺すなんて」(ホーク)バロンは天才的なレーサーの素質を持つボクサー・ホークに冤罪を着せ、無理やりブラックシャドーと契約させた。レースに挑んだカミカゼとガンテツは、燃料切れとなったうえに臨時給油所を爆破され、足止めを食ってしまう。バロンは非情な抹殺命令を下すが、ホークは自分の無実を信じてくれた剣に手を下すことができない。
「あるときはマシン、あるときは飛行機、西音寺チームのニューフェイス、人呼んでさくら号!」(さくら)専用マシンの設計に夢中になるさくらが、徹夜でニューマシン・さくら号を完成させた。デッドバレーでのレースが始まると、さっそく出番がやって来た。ビッグギャリーでは険しい山岳コースに立ち入ることが難しく、めぼしい場所も全て押さえられてしまったため、さくら号が燃料補給の大役を担うことになったのだ。
「俺の大事なマシンを壊さないでくれ、お願いだ!」(神風)連勝中の西音寺レーシングチームに、アフリカのオイルレースへの招待状が届いた。赤道直下の砂漠と雪山を越える過酷な走行となるため、博士は神風のマシンで耐久テストを行う。自分の愛車が傷つき壊れる姿にショックを受けた神風は実家へ帰るが、事情を察した母に追い返される。研究所へ戻った彼を出迎えたのは…。
「これが大迷宮のカラクリを動かす心臓だ!」(バロン)ハヤブサの弱点は登坂力だと見抜いたブラックシャドーは、トルテカの地下遺跡を利用して魔の迷宮コースを作りあげた。レースが開幕し、特訓を重ねてきた剣たちは広大な遺跡の中を快調に飛ばしてゆく。ところがバロンが迷宮の要である石像を使って遺跡のしかけを崩し、大量の砂によってコースを宙吊りにしてしまった!
「今のままではハヤブサは敗れる」(博士)引退報道に怒った剣は、テストばかりが続く苛立ちを博士にぶつけてしまう。その博士は、ハヤブサの弱点を克服するために新エンジンV3の開発を進めていた。試作品は完成するものの、実験は失敗。ヒマラヤでのレースに出場することになった剣は、エンジンの回転数を上げない条件でV3エンジンの搭載を決断する。
「わしたちが捜していたのはこいつだ、この男だ!」(メフィスト)魔王エイハブはハヤブサを倒すため、一匹狼の凄腕レーサー・流れ星の竜をスカウトした。敵の実力を試そうとテストコースへ乗り込んできた竜は、剣を気に入り、二人の間には不思議な友情が芽生える。しかし、勝負は勝負。水面に投げた小石を見た竜は、マシンの性能差を埋めてハヤブサを攻略する必殺技を思いつく。
「流れ星の竜、今度こそこの腕で貴様を破ってやる!」(剣)竜の三段跳び走法によって敗北を味わった剣は、カーチェイスをヒントに片輪走法を編み出した。再戦の舞台はイラン高原のレース。竜と剣の熾烈なトップ争いが続く。剣は岩石地帯の勝負で竜を破るが、片輪走法の弱点をついたコースに苦境に立たされる。一歩間違えば谷底へ転落、だが彼はいちかばちかの勝負に出る!
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