冬休み。寮からの外出禁止でヒマを持て余す1年A組たちのもとへ3年の通形ミリオがやってくる。彼が持ち込んだのは、サポート課が制作したカードゲーム「雄英ヒーローズ・バトル」！A組メンバーは早速遊び始めるが、雄英生それぞれのカードを駆使して戦うこのゲームは、雄英らしく一筋縄ではいかないものだった…！果たして、カードバトルの勝者は…!?
忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。『ＮＩＮ（National Intelligence of NINJA）』と呼ばれる忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。そして、『ＮＩＮ』と敵対するもうひとつの忍者組織、『ＵＮ（アンダーニンジャ）』。忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは？そして、戦いの最前線に投入された雲隠九郎たち下忍の運命は？
冬休み。街中の至る場所への落書き事件が連続発生し、デク、爆豪、轟がインターン中のエンデヴァー事務所に応援要請が入る。犯人は、美術家を自称するミスター・スマイリーという男で、彼の“個性”により、警察も逮捕できず手を焼いていたのだ。「そんな軽犯罪は警察で処理しろ！」と一蹴するエンデヴァーだったが、自宅の塀に落書きされたことで態度を一変、検挙に乗り出すが、ミスター・スマイリーは想像以上に手強い相手だった―！
野球好きなプロヒーローたちが設立した草野球リーグ「HLB＜ヒーローリーグベースボール＞」。そこで優勝を争う2チーム、ギャングオルカ率いるオルカーズと、シシド率いるライオネルズによる最終決戦の日がいよいよやって来た。ギャングオルカとシシドは覇権を勝ち取るため、他事務所のプロヒーローやインターン中の雄英高校生徒たちを助っ人に呼び寄せる。“個性”全開、HLBならではのルールで繰り広げられる試合の行方は…!?
