西暦２×××年、地球の人間たちは体を機械化させ、寿命を千年近くまで延ばすに至っていた。だが母と二人暮らしの星野鉄郎はひどく貧しく、機械の身体を手に入れることなど夢のまた夢と思っていた。ある時、鉄郎の母が生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃ち殺されてしまう。母が遺した最期の言葉は、誰もが分け隔てなく機械の体をもらえる星へ行き、機械となって自分の分まで長生きして欲しいというものだった。その星へ行くための手段はただ一つ、メガロポリスから発車する銀河超特急９９９号の乗客になること。鉄郎は一人きりでメガロポリスステーションを目指すが、道の途中で力尽きて倒れてしまう。雪原に倒れていた彼を助けたのは、謎の美女・メーテルだった。彼女は鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。宇宙の彼方にある夢と希望の星を目指して、鉄郎の星を巡る旅が今はじまったのだ！
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させて、その寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させその寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
