主人公の宇佐美いちかはスイーツが大好きな中学２年生。海外で働く母が帰ってくるときいてショートケーキを作っていたところ、おなかがぺこぺこのペコリンに出会う。いちかの作ったショートケーキには想いがつまっており、スイーツに宿るエネルギー「キラキラル」があふれ出ていた。そこへ「キラキラル」を狙う悪い妖精が現れ、ショートケーキを真っ黒にしてしまう。「大好き」という想いがつまったショートケーキを守るため、いちかは伝説のパティシエ・プリキュア「キュアホイップ」に変身する。長老から譲り受けた「キラキラパティスリー」というスイーツショップでパティシエをしながら、想いのつまったスイーツを守る！キュアホイップたちの物語が始まります！
私、宇佐美いちか！フランスで開催される有名なスイーツコンテストにキラパティメンバーの出場が決定したよ♪でもシエルがなんだか絶不調みたいで…スイーツづくりもプリキュアの変身もうまくいかなくなっちゃった！コンテスト会場では個性的なパティシエのジャン＝ピエールさんに出会ったんだけど、なんとこの人！シエルのパリ修行時代の師匠なんだって！あっ！キラっとひらめいた☆シエルが師匠につくってもらった想い出のスイーツ【ミルフィーユ】をコンテストで一緒につくろうよ！そうと決まればレッツ・ラ・クッキング…と思ったら、パティシエを襲う謎の怪物が出現！？しかもパリの街が本物のスイーツに！？一体なにが起こってるの～～～！？
ある日、宇佐美いちかはフシギな夢で見たサクラという謎の女の子と、現実の世界で出会ってしまった！「桜が原」という別の世界からやってきたサクラは、＜世界中のキレイなもの＞を狙う鴉天狗の魔の手により離ればなれとなった友達の狐・シズクを助ける為に、「鍵」「宝石」「スイーツ」のプリキュアを探しているのだという。やがて、『ＧＯ！プリンセスプリキュア』『魔法つかいプリキュア！』『キラキラ☆プリキュアアラモード』と大集合したプリキュア１２人の前に、鴉天狗の手下・赤狗黄狗、そして謎の強敵・五月雨が立ちはだかる。すさまじい妖力により追い詰められるも、何とかピンチを切り抜ける。そして、サクラの想いに導かれるように、桜が原へと続くトビラの封印が解かれた。大切な友達・シズクを助けるため、プリキュア１２人はいざサクラの世界へ―――。トビラを抜けたその先には、キラキラ輝くキレイでフシギな世界が広がっていた！
この広い宇宙のどこかに、ミラクルライトを作っている星があるって本当!?星奈ひかる、羽衣ララ、天宮えれな、香久矢まどかの「スター☆トゥインクルプリキュア」の４人が夜空に輝く星を望遠鏡で眺めていると・・・突然キラキラ星の世界へワープしちゃった!?そこで出会ったのは、惑星ミラクルで働くミラクルライトの見習い職人・ピトン！更に、「ＨＵＧっと！プリキュア」、「キラキラ☆プリキュアアラモード」のみんなも宇宙に大集合!?無限の可能性が広がる宇宙には、フルーツいっぱいの惑星や、火山と灼熱の惑星など面白い惑星が盛りだくさん!!さぁ！これから見習い職人・ピトンと一緒に“ミラクルライト”のヒミツに迫る大冒険にレッツゴー！と思いきゃ・・・!!?なんとプリキュアが宇宙警備隊に追われることに!?いったいどうして!?更に、惑星ミラクルで作っているミラクルライトの光が真っ黒になってしまい、＜伝説の宇宙代魔王＞が復活!?このままでは世界が闇に飲み込まれて大変なことに！絶体絶命の大ピンチ！奇跡を起こせるのは、見習い職人・ピトンと＜みんな＞が持ってる“ミラクルライト”だけープリキュアになったばかりの「スター☆トゥインクルプリキュア」は、「ＨＵＧっと！プリキュア」「キラキラ☆プリキュアアラモード」のみんなと一緒にこの大ピンチを乗り越えることができるのか!?プリキュアが＜みんな＞を守りたい想いと＜みんな＞のプリキュアを応援する気持ちが重なりあった時“ミラクルライト”に奇跡の光が！
