わたし、星空みゆき。今日から七色ヶ丘中学校に通うことになった中学２年生。転校初日から遅刻しそう～！と急いでいたら、絵本から飛び出した《キャンディ》と運命の出会いをしちゃった！キャンディは、おとぎの国「メルヘンランド」からやってきたの。世界をバッドエンドにしようと企む悪者から世界を守るため、伝説の戦士・プリキュアを探してるんだって。でも・・・・・・メルヘンランドって何？世界を救う宝物《キュアデコル》ってどこにあるの？？そこに襲いかかってくる悪者たち！「世界をバッドエンドにしてやる～」だなんて・・・・・・許せないっ！わたしがスマイルパクトを手に取ると、なんとプリキュアに変身しちゃった！？プリキュア５人の力を合わせて、みんなのスマイルを守ってみせる！！キラキラ輝く明るい笑顔に向かって、Ｇｏ！Ｇｏ！Ｌｅｔ’ｓ Ｇｏ！！
全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。文明が滅んだ石の世界＜ストーンワールド＞を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、両国は遂に和解する。仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、そして、全人類を復活すべく、科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！石の世界＜ストーンワールド＞大航海時代がついに開幕する――!!
