未来での戦いも終わり中学３年生になったうさぎ達は、つかの間の平和な日々を取り戻していた。そんな折、予知夢を見る衛とレイ。不穏な気配が漂い始める。東京湾の埋め立て地に立てられた新設の私立無限学園に通う生徒が、次々に怪物に襲われる先祖返り減少が起こる。早速うさぎ達は偵察を開始。私立無限学園は既に新たなる敵・デス・バスターズの支配下に…。更に新たな二人のセーラー戦士が出現しとまどう、うさぎ達。私立無限学園で出会った天才レーサー天王はるかに、ドキドキが止まらず惹かれていくうさぎ。一方、ちびうさは無限学園創設者の娘、土萠ほたると知り合い、親しくなる。やがて土萠ほたるの隠された秘密が明らかになっていく…。
桜が舞う4月。街中が今世紀最大の皆既日食に沸くなか、月野うさぎとちびうさは助けを求めるペガサス／エリオスと出会う。時を同じくして、街には“デッド・ムーンサーカス”と名乗る謎のサーカス団が現れる。その正体は女王ネヘレニア率いる新月の闇の王国「デッド・ムーン」であった。新たな敵に立ち向かおうとするセーラー戦士たちだが、心の隙をついて悪夢の世界へと誘惑する敵に惑わされ危機に陥ってしまう。
