うさぎたちの活躍で街は平穏を取り戻した。セーラームーンの未来の娘・ちびうさも未来の世界へ帰り、うさぎ・レイ・亜美・まこと・美奈子らセーラー戦士たちは中学３年生になって、穏やかな日常を過ごしていた。だがある日、霊感の強いレイが、世界が闇に包まれて崩壊する悪夢を見る。ただの夢なのか、それとも新たな危機の予兆なのか……？悪夢の原因を探ろうとしていたレイは、新たなる敵の差し向けた怪人・ダイモーンに襲撃される。駆けつけたうさぎはセーラームーンに変身、ダイモーンと闘うが、パワーアップした敵の強大な力に変身ブローチを破壊されてしまう！ だがその時、謎の新戦士が現れてダイモーンを撃退、取り戻したピュアな心の結晶を見て「これは“タリスマン”ではない」と言い残して去ってゆく……ダイモーンを操るデスバスターズと、新たなる戦士・セーラーウラヌスとセーラーネプチューン、そして愛の力でパワーアップしたセーラームーン。ピュアな心の結晶に宿るという“タリスマン”を巡って、今、三つ巴の戦いが始まった！
皆既日食によって太陽が姿を隠し、日本中が暗闇に包まれた。ひとときの平穏な日々を送るセーラー戦士たちも、この世紀の天体ショーを心ゆくまで楽しんでいる…。世界に日の光が戻った時、十番街の中心に奇妙な巨大テントが姿を現していた。その正体が何なのか、セーラー戦士たちには知るよしもない。その頃、修行中のちびうさは、夢の中で不思議なペガサスと出会っていた。幼い心を騒がせるちびうさ。ペガサスの出現は、セーラー戦士たちを再び過酷な戦いへと導く運命の前触れなのだろうか？美しい夢を持つ人々を襲い、世界征服を目論む謎のデッドムーンとの関係は？かつてない力を持った最強の敵との戦い。そして徐々に明らかになってゆくシリーズ最大の謎。さらなる進化を遂げたセーラー戦士たちの活躍が始まる！
ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は！？さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる！！
