金田一一（はじめ）は不動高校に通う高校生。いつもはひょうきんで少しぐうたらな少年だが、ひとたび事件が起こると大人顔負けの鋭い洞察力を発揮し、快刀乱麻を断つがごとく謎を解いてゆく。実は彼は名探偵・金田一耕助の孫なのだ。次から次へと起こる惨劇、迫り来る死の恐怖、そして暴かれる過去の悲劇…しっかり者の幼なじみ・七瀬美雪を良きパートナーに、彼は今日も不可解で恐ろしい事件に立ち向かってゆく。警視庁捜査一課の警部・剣持勇、本庁きってのエリート警視・明智健悟、天才的な犯罪者・地獄の傀儡師など、一と美雪の他にも個性的な人物が数多く登場する。どんな謎でも解き明かし、必ず真犯人を暴き出してみせる。じっちゃんの名にかけて！
あの“金田一少年の事件簿”が帰ってくる！！――名探偵・金田一耕助の孫、金田一一（はじめ）。普段は冴えない高校生だが、事件が起きると幼馴染みの七瀬美雪、仲の良い剣持警部、ライバルの明智警視らと共に抜群の推理力で難事件を解決していく。
不動の人気を誇る連続TVアニメ「金田一少年の事件簿Ｒ」が約１年ぶりに復活！主人公はあの名探偵の孫、金田一 一。普段は冴えない高校生だが、ひとたび事件が起きれば抜群の推理力で難事件を解決していく。幼馴染みの七瀬美雪、仲の良い剣持警部、ライバルの明智警視、地獄の傀儡師の高遠遙一というオールキャストが登場！推理漫画の先駆けとなった原作「金田一少年の事件簿」「金田一少年の事件簿Ｒ」から選りすぐりの名作＆人気エピソードをアニメ化！今シリーズでは初となるアニメオリジナル作も放送決定！本格的な謎解き、ドラマチックな展開、緻密なトリック、アッと驚く結末…。推理モノの魅力、真髄を余すところなく視聴者にお届けする！
経営に行き詰まっている聖正病院。“死神病院”と噂されているこの病院では、３年前、医療ミスで患者を死なせた医師が自殺していた。そして３年後の今、外科部長が何者かによって殺害されてしまった。食べ過ぎで担ぎ込まれていたはじめが、消化不良に苦しみながら事件の解決に乗り出すことになる。はじめの鋭い目は、病院を経営する聖正一族の不審な挙動を見逃さなかった。殺人現場に落ちていた赤いリボンのついた鈴を目にした途端、彼らの表情が凍りついたのだ。その晩、どこからともなく鈴の音が聞こえてくる。音を追ったはじめは、黒マントをはおった不気味な人影を目撃。直後に看護婦長までも殺されてしまう。医療ミスで死んだ患者にまつわる赤い鈴、鈴を鳴らして死神が現れるという病院の噂…はじめは思わぬところからヒントを得て、事件のトリックを暴き出す！
温泉に行く途中迷い込んだ金田一はじめ、七瀬美雪、剣持警部の三人。迷い込んだのは廃墟の村、舞蘭村。この村に残る吸血鬼伝説になぞらえられた殺人事件が起こる！！美雪にも迫る吸血鬼の魔の手。はじめは事件を解決することができるのか！？
あのオペラ座館で、三度事件が起こる！オペラ座館が取り壊される事になり、ゆかりのある人たちが最後の公演に招待される。招待された金田一一、七瀬美雪、剣持警部の三人はまたもや事件に巻き込まれる。「今宵、オペラ座館最後の夜。ふたつの死体で華々しきフィナーレを飾ろう」ファントムからの不気味な予告状が届くのだった・・・。
