もうすぐ中学二年生になる朝日奈みらいは、春休みのある夜、空から謎の物体が近くの公園に落ちていくところを発見します。「もしかして魔法つかいかも！」と期待に胸をふくらませるみらいは、翌朝、ワクワクしながら、幼い頃からずっとかわいがっているクマのぬいぐるみ「モフルン」と一緒に公園に向かいます。するとそこで目にしたのは・・・ほうきにまたがって宙に浮く女の子・・・！リコと名乗るその女の子は、なんと魔法つかい！！みらいは、魔法つかいに興味津々でリコを質問攻めに。リコは“ある物”を探しにみらいの住む世界にやってきたらしいのです。さらに、よく見ると二人は同じペンダントをつけていて・・・。そんな中、闇の魔法つかい・ドクロクシーの仲間・バッティが二人の前に現れます！「リンクルストーン・エメラルド」を渡せとリコに迫りますが、どうやらリコも、「リンクルストーン・エメラルド」を探しているらしくて・・・。バッティの闇の魔法で生まれた怪物ヨクバールに追い詰められたその時・・・みらいとリコ、そしてモフルンが手をつなぎ、魔法の言葉『キュアップ・ラパパ！』ととなえると、ペンダントが光輝きます。そして、伝説の魔法つかい「プリキュア」が誕生するのです・・・！！！
わたし、朝日奈みらい！みんな、“願いの石”って知ってる？どんな願いも叶えてくれるすっごい石なの！今日はその復活をお祝いする、１００年に一度の大魔法フェスティバル♪リコもはーちゃんも一緒に“願いの石”にお願いごとをしたんだけど、なんと石のちからに選ばれたのはモフルンだったの！ほんとワクワクもんだぁ！！なのに・・・とつぜんあらわれた謎のクマ・ダークマターに、モフルンが連れさられてしまったの！！モフルンは絶対に助けてみせる！離ればなれになっても、みんなの願いが奇跡をおこすよ！！と思ったら、え～～～！！モフルンがプリキュアになっちゃった～！？
好奇心が旺盛で不思議なことが大好きな朝日奈みらいは、中学2年生になる春休み、魔法つかいの少女・リコと出会う。奇跡と魔法に導かれて、リコと共に伝説の魔法つかい「プリキュア」に変身！みらいが大切にしているクマのぬいぐるみのモフルンや、「リンクルスマホン」から生まれた妖精のはーちゃんとも手を取り合って、「魔法界」と「ナシマホウ界（人間界）」というふたつの世界に迫った混沌を退ける。しかしそれはみんなの別離を伴うものだった。数年後に奇跡的な再会を果たしたみらいたちは、それぞれの世界で、それぞれの未来へ向かって歩み始める。みらいはナシマホウ界で大学生に。魔法界に戻ったリコは、魔法学校の先生に。モフルンは変わらずみらいの隣に。そして、はーちゃんは遠いところから世界を見守る存在に――。だが、そんななか、魔法界とナシマホウ界に新たな災いが現れて……？新たな災いの兆しをきっかけに、数か月ぶりの再会を果たしたみらいとリコ。謎の敵を退ける一方で、ふたりは自分たちの過去、そして未来と向き合うことになるのだった――。「キュアップ・ラパパ！」の魔法の言葉で、ワクワクもんの物語がいま再び動き出す！
