キン肉マンたち正義超人の活躍で平和な日々を取り戻した地球に、ふたたび悪行超人たちが攻めてきた。かつて活躍した伝説超人たちが、これを阻止すべく立ち向かうが、若く鍛え上げられた新世代の悪行超人たちに惨敗を喫してしまう。そこで伝説超人たちは、新世代の正義超人を育てるため、正義超人育成施設・ヘラクレス・ファクトリーを再開することを決める。かくして、各地から呼び寄せられる若き正義超人たち。その中には、往年の英雄であるキン肉マンの息子・キン肉万太郎もいた。父親と同じくドジでオッチョコチョイでありながら、熱き友情と正義の魂を持つ万太郎は、地獄の特訓を耐え抜いてヘラクレス・ファクトリーを無事に卒業、地球防衛の任務に就く。ふたたび始まった悪行超人との激闘をくぐり抜け、万太郎はキン肉マンＩＩ世として成長してゆく！
数十年ぶりに復活した超人ワールドグランプリもベスト４が出揃い、準決勝が始まろうとしていた。悪行超人だったことが判明しながらも、超人ワールドグランプリに残ることを許された「暗黒の主（ロード・オブ・ダークネス）」ことヒカルド。変形能力を持つ「赤き死の飛行機（ママリオート）」イリューヒン。親子二代に渡る超人ワールドグランプリ制覇を目指す「難攻不落の鉄騎兵」ケビンマスク。そして我らがキン肉マンＩＩ世ことキン肉万太郎。まず最初に戦う万太郎とヒカルドを待っていたのは、巨大な処刑台を中央に据えた処刑執行Ｘリングだった。ケビンとイリューヒンに用意されたのは、空中に浮遊するスカイキューブ・リングだ。それぞれの誇りと意地を賭け、今、４人が激突する！
数十年ぶりに復活した超人ワールドグランプリだったが、バロン・マクシミリアン率いる残虐超人たちの乱入で、本戦を前に大会は中断してしまった。バロン一味は万太郎たち新世代超人によって倒されたものの、大会が再開される様子はない。それでもいつか戦いの時が来ると信じて、正義超人たちはトレーニングに励んでいた。そして、ついに超人ワールドグランプリの再開が決定し、本戦であるグランドファイナルの組み合わせが決定した。厳しい予選を勝ち抜いた１２人の超人は、栄冠を目指して闘志を燃え上がらせる。その中にはケビンマスクやジェイドといったよく知られた強豪超人はもちろん、イリューヒン、ヒカルドといった未知の実力を秘めた超人たちも多くいた。万太郎は強敵たちを倒し、親子二代にわたる超人ワールドグランプリ優勝の栄誉を手にすることができるのか！？
