世界大戦後の荒廃したニューヨークで戦火を生き抜いた元ＳＷＡＴの敏腕女性隊員デュナンと、その相棒・サイボーグとなったかつての恋人ブリアレオスは未だ戦いの日々を送っていた。終わりの見えない戦いの中、人類が生み出した理想都市オリュンポスでの安息を夢見る二人の前に突如現れた１人の少女。オリュンポスから来たという彼女は謎の追手に追われていた。少女と行動を共にする中で、二人は彼女の身体に秘められた秘密を知ることになる。それは世界を、地球を破壊し尽くすほどの巨大な力の鍵だった──。
大戦後の２１３８年、中立都市オリュンポスの特殊部隊所属の戦士デュナンとブリアレオスは固いきずなで結ばれた戦友であり、私生活では恋人同士でもあった。ある日、ブリアレオスは戦闘中にデュナンをかばい重傷を負い、一命はとりとめたものの昏睡状態になってしまう。そんな折、デュナンの元に新しいパートナーが配属される。
世界を壊滅状態に追い込んだ非核大戦が集結した。伝説の女性戦士デュナン・ナッツは町を彷徨（さまよ）いながら、かつての恋人ブリアレオスを想っていた。そこへ突如、ヘリが現れ美しい女性ヒトミが降りて来た……。
