地球を舞台に繰り広げられていた「マスターフォース戦争」も終結し、宇宙は一時の平穏を取り戻していた。サイバトロンは平和を愛する異星人たちと宇宙平和連合を設立、地球もその一員に加わった。Ｖ惑星に本部を置いた宇宙平和連合は、新たに結成した宇宙防衛軍の総司令官にサイバトロンの勇者・スターセイバーを任命。一方のデストロンでは、ブレストフォースのリーダーであるデスザラスが新破壊大帝として実権を掌握していた。デスザラスはスターセイバーによって暗黒星雲に封印された要塞を取り戻そうと、エネルギーの強奪を推進。かくして両軍の戦いの場は、因縁の地となった地球へとその舞台を戻った。正義のブレインマスターと、悪のブレストフォース、熾烈を極める戦いの結末は！？
