時はアイドル戦国時代。これは、この荒波を生き抜く７人の少女達「Wake Up, Girls！」の物語である。東北・仙台にある廃業寸前の弱小プロダクション、グリーンリーヴズ・エンタテインメント。かつては手品師、グラビアアイドル、占い師などが所属していたが、唯一活動していた最後のタレントもついに辞めてしまう。所属タレント“０（ゼロ）”という危機的状況の中、事務所社長・丹下の思い付きでアイドルユニットをプロデュースする事を決意する。傍若無人な社長の元、マネージャー松田は不満を持ちながらも、アイドルの原石を探しに街へ出る。そんな中、マネージャー松田は、ある少女と必然的な出会いを果たし…。
ここは仙台のはずれにある小さな動物園“うぇいくあっぷがーるＺＯＯ”。この動物園は現在存亡の危機に瀕していた。園長の丹下は飼育員松田に、新しい動物ユニットの発掘を命ずる。集められた７匹の猛獣たちの活躍によって動物園を復活させることは可能か？うぇいくあっぷがーるＺＯＯ！の明日はどっちだ!?
「Ｗａｋｅ Ｕｐ， Ｇｉｒｌｓ！」は、宮城県・仙台市で暮らす７人の少女たちがアイドルグループ「Ｗａｋｅ Ｕｐ， Ｇｉｒｌｓ！(以下、ＷＵＧ)」を結成し、互いに切磋琢磨しながら、トップアイドルを目指していく姿が描かれた成長と絆の物語。仙台の弱小芸能プロダクション「グリーンリーヴス・エンタテインメント」に所属するＷＵＧは、数多の挫折を経験しながらも、国民的アイドルグループ「Ｉ－１ｃｌｕｂ」を「アイドルの祭典」で破り、優勝した。一躍トップアイドルに・・・と思ったのもつかの間、「アイドル経済不況」が叫ばれてきたこのご時世、現実は甘くない。７人は地道なアイドル活動に追われる日々が続いていた。一方、仙台市の中学に通う速志歩・守島音芽・阿津木いつかの３人は、次第にアイドルに憧れを持つようになり・・・。
東北代表として出場した「アイドルの祭典」での活躍が認められ、アイドル文化の中心地・東京に進出した「Ｗａｋｅ Ｕｐ, Ｇｉｒｌｓ！」。メジャーレコード会社ｂｖｅｘとの契約も決まり、活動は順風満帆に思えた。だがブレイクの立役者だったプロデューサー・早坂相が手を引き、７人が動きの早い東京の芸能界の中で「ＷＵＧらしさは何か」を見失った結果、苦い挫折を経験する。レコード会社や関係者たちが手のひらを返す中、それでもあきらめずに前に進もうとする「Ｗａｋｅ Ｕｐ, Ｇｉｒｌｓ！」の姿を見た早坂は、彼女たちが再び挑戦するための武器として、新曲「少女交響曲」を与えるのだった。「Ｗａｋｅ Ｕｐ, Ｇｉｒｌｓ！」は、心機一転して地元仙台から活動を再開。日常ライブの復活や全国行脚を通しての地道な努力は、少しずつだが、着実に全国のファンへと届き始める。一方、アイドル界の頂点である「Ｉ－１ｃｌｕｂ」では、最新シングルの売上ミリオン割れを契機としたセンター争いが勃発。「Ｉ－１ｃｌｕｂ」プロデューサー・白木の非情な采配は、意外な形で「Ｗａｋｅ Ｕｐ, Ｇｉｒｌｓ！」とアイドルたちを大きなうねりへと巻き込んでいく。敗れて尚あきらめられないもの。アイドルとは何か。その答を求めて、物語は再び「アイドルの祭典」へと収束する。
七人目のメンバーとして元「Ｉ－１ｃｌｕｂ」のセンター・島田真夢を加えた「Ｗａｋｅ Ｕｐ，Ｇｉｒｌｓ！」は、時にメンバー同士でぶつかり合いながら絆を深め、地元仙台での地道な活動を通じて少しずつファンを増やし、ついにはアイドル界の登竜門イベント「アイドルの祭典」に東北代表として出場するまでになった。リーダーの七瀬佳乃の負傷というアクシデントを乗り越え、大会を終えた彼女たちを待っていたのは、メジャーレーベル・bvexからのメジャーデビューの誘いだった。「Ｗａｋｅ Ｕｐ，Ｇｉｒｌｓ！」のメンバーたちは、ヒットメーカー・早坂相が手がけた楽曲「７Ｇｉｒｌｓ Ｗａｒ」を引っさげて上京すると、アイドル文化の中心・東京での新たな挑戦と練習の日々をスタートさせる。一方、アイドル界の頂点である「Ｉ－１ｃｌｕｂ」にも新たな動きが起こっていた。最新シングルがミリオン(１００万枚)割れしたことを重く見たゼネラルマネージャー・白木は、「Ｉ－１ｃｌｕｂ」に世代交代という新たな嵐を呼びこむのだった。
グリーンリーヴズ・エンタテインメントは、仙台で活動する弱小芸能プロダクション。しかし最後の所属タレントに逃げられ、社長の丹下は次の手としてアイドルユニットの結成を思い立つ。丹下の無茶振りにしぶしぶ街に繰り出しスカウトを始めたマネージャーの松田は、公園で一人歌を口ずさむ少女に出会う。その素晴らしい歌声に思わず声をかけるのだが、彼女は「アイドル」という言葉に表情を曇らせ、逃げるように立ち去ってしまう。その少女こそかつて国民的人気アイドルユニット『Ｉ－１クラブ』のセンターを務めながらも、ある事情で脱退した元アイドル、島田真夢であった。
