怪獣大国日本。清掃業で働く日比野カフカは、日本防衛隊のホープである幼馴染・亜白ミナとの再会をきっかけに諦めていた防衛隊を再び志すが、その矢先に強大な力を持つ「怪獣８号」に変身してしまう。後輩・市川レノの協力を得て正体を隠しながら、防衛隊員選抜試験、初の実戦と、かつての夢へ着実に歩みを進めるカフカ。しかし日常を揺るがすように、高い知能を持つ謎の怪獣によって防衛隊基地の襲撃事件が発生！絶望的な状況を前にカフカはある重大な決断を迫られる…。
防衛隊長官・四ノ宮功の判断により兵器化を免れるも、身柄を拘束されたままの日比野カフカ。異動命令が下った第３部隊の新人たちがそれぞれの任務先へ向かうなか、彼の前に現れたのは、第１部隊を率いる防衛隊最強の男・鳴海弦だった。隊員としてのカフカを必要としない鳴海に対し、自身の力を認めさせるため「怪獣８号」の強大すぎる力と向き合うことになるカフカ。しかしその陰では、「怪獣９号」の脅威が迫っていた…。継承される意志と力、新たな識別怪獣兵器（ナンバーズ）適合者の誕生、そして防衛隊を襲う史上最大の危機が訪れる――。
