砂漠の真ん中に立ち、崩壊したバベルの塔を見ている浩一。そんな同じ夢を見続ける中、日常にも浩一に異変が…。超能力、バベルの塔、バビロンタワービル、そしてヨミ。壮大な物語が今幕を開ける！
毎晩、少年古見浩一の夢の中に出てくるバビルの塔。家族が半信半疑で見守る中、夢の通り、使者が現れ、少年はバビルの搭へと連れて行かれる。そして浩一が塔で告げられた真実は驚くべきものだった。バビルの塔とは、古代に、宇宙船の故障によって地球に降り立った異星人・バビル１世が残した超科学的な遺産であり、異星人の血を引く浩一が受け継ぐにふさわしいと判断された、というのだ。浩一は、その日以来、バビル２世として、バビルの塔の新たな主となることを決意する。バビルの塔と共に残された３つの僕（しもべ）、怪鳥・ロプロス、海に潜むロボット・ポセイドン、変身能力をもつロデムを従え、さらに自分の中に眠っていた超能力を目覚めさせる。そして、バビル１世の能力を受け継ぎ、世界征服を企む男・ヨミに戦いを挑んでいく。
