高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか?!黒ずくめの男達の正体は!!数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった!!
時は未来、すぐれた生物学者ロジャー・ニュートンは時の科学の力をもってしても未だ解明されない人工の生命創造の課題に密かに挑戦し、その完成は間近かった。それを知った陰謀家コルボは、その秘密を盗もうと企んでいた。ニュートンはその難を避けるため、妻のエレーヌ、それに永年の共同研究者である＜生きている脳＞サイモン、ライトとともに月にある隠れ家に逃れた。間もなくニュートン夫妻の間に男の子が生まれ、カーティスと名付けられた。さらに最初の人工人間である＜鋼鉄製ロボット＞の創造に成功し、ひきついで第二の人工生命＜合成アンドロイド＞を創り出したが、その時コルボが現れ、妻のエレーヌと共に暗殺されてしまった。残されたカーティスはサイモンとグラッグ、オットーの三人によって月世界で育てられた。比類なき科学者＜生きている脳＞サイモンはカーティス少年の知育の面を担当した。そして、科学者のあらゆる分野の知識を授け、すべての工学的知識と技術を短時間のうちに身につけさせた。＜ロボット＞グラッグは、その桁外れの力とスタミナの一端を独特の方法で少年に注ぎ込んだ。＜アンドロイド＞オットーは持ち前の精神と肉体の両面にわたる驚くべき敏捷な反応の能力を植え付けた。カーティス・ニュートンが見事な一人前の男に成人したある日、サイモンは彼の両親の死の真相を話して聞かせた。そして今後、科学を不正な目的に利用しようとする悪の手と勇敢に戦ってほしいと懇望した。かくしてカーティスは自らキャプテン・フューチャーと名乗り、宇宙の正義と平和のために斗う事になったのである。
緑いっぱいのやまびこ村に、頭に花が咲いているかっぱの家族が住んでいます。おじいちゃんの頭には、「はす」おばあちゃんの頭には、「かすみそう」お父さんの頭には、「ひまわり」お母さんの頭には、「たんぽぽ」そして、はなかっぱには、「とりあえずの花」が咲いています。大人になるまで、いろいろな花を咲かせるのです。はなかっぱが咲かせる花の中でも、若返りの花と伝えられる「わか蘭」を狙って、黒羽屋蝶兵衛一味がやってきます。いつも、やまびこ村はてんやわんやの大騒ぎ！さてさて、今日はどんな花が咲くのでしょうか？はたして、「わか蘭」は咲くのでしょうか？そして、はなかっぱは、どんな花を“自分の花”に決めるのでしょう。
