イクシア浮上時の戦闘で墜落したドラクター母艦の元へ向かうため、アーシェムは峡谷集落ソロンを訪れる。一方、星刻学園では学園を牛耳る支配者の噂が広まっていた。記憶にない人物に不信感を抱いた大和、ジュン、雨宮の3人は、その正体を探るため動き出す。
シェルターエディシアの廃墟に、炎の球を操る異星人機体が出現。未知の攻撃に大和たちは劣勢に追い込まれる。また、ヴィクトと共に行動するアーシェムは、赤地病に侵されながらも地上で強く生きる人々との交流を通じ、他の星に侵攻した罪の重さを再認識する。
イクシアがセカンドジャンプの準備を進める中、九世は大義のためランドアイへと侵入する。そのことをいち早く知った輝と雨宮は、強引な作戦を決行するのだった。一方ジュンは、自分の体にある異変が起きていることを萌々香に打ち明ける。
マーガレットの判断で行先を変更したイクシア。時を同じくしてアーシェムは、かつて自分を殺そうとした母クロウゼードと再会する。そんな中、アーシェム確保を目論むユグラとミーシスの機体が迫り、大和たちはヴィクトと共に立ち向かう。
地上の住人の移動が始まる一方、グリファースは集落への攻撃を命じた。アーシェムを戦火に巻き込まないため捜索を急ぐユグラは、ヴィクトと対峙する。そんな中ドラクターによる攻撃が始まり、町は炎に包まれ、住人たちは混乱に陥るのだった…。
大和の調査を命じられたユグラとミーシスはイクシアに潜入することに。その頃、ブルーコートではヴォルトラインにあるドラクターの要塞の攻略について議論が進んでいた。康太たちランドアイスタッフは、攻略の糸口となる作戦を発表する。
アーシェムたち一行は、地上に取り残されたシドル兵たちが作った村に到着する。そこでは、司令官も兵士も関係なく互いを助け合い生活していた。一方、雨宮は悩んでいる様子のジュンを案じ、ある場所を訪れる。
要塞攻略戦を前に、イクシアのパイロットやクルーたちは大きな戦いに向けてそれぞれの時間を過ごしていた。そんな中、ユグラとミーシスにミライの存在を知られてしまう。危険を察知した輝は、ミライを研究室から連れ出すが…。
ドラクター要塞の攻略戦が幕を開け、おびただしい数の敵に対して総力戦の侵攻が始まる。作戦やパイロットたちの機転により、一進一退の戦いを繰り広げる大和たち。しかし、そんな中ドラクター側の思いがけぬ策が待ち受けていた。
さまざまな声が挙がる中、アーシェムとマーガレットは、地球とシドルが進むべき新たな道を提案する。東郷門では、互いの交流を深めるための祭りが開催され、ひさしぶりに再会したアーシェムと大和は2人きりの時間を過ごしていたが…。
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