黒船の来航により、動乱が巻き起こる幕末の京都。団子屋で働く心優しい少年「ちりぬ にお」は、のちに新選組となる「壬生(みぶ)浪士組(ろうしぐみ)」、通称“ミブロ”の土方歳三、沖田総司と出会う。金も土地も命すら理不尽に奪われる時代。自らの正義を胸に、京の街を守る“ミブロ”の面々との出会いをきっかけに、ふつうの13歳の運命が、大きく動き出す!命懸けの“ド青春”新選組、開幕!
「僕だって強くなりたい。こんな世界変えたい」。土方歳三、沖田総司と出会ったことがきっかけで、京の街を守る剣客集団「壬生浪士組」、通称“ミブロ”の一員となったにお。皆と寝食をともにする屯所が「鬼の棲み家」と呼ばれ恐れられていることを知り、「ひょっとしたら、僕は危険なところに来たのかもしれない」と感じていた。永倉新八、原田左之助らと顔を合わせると、「力を見せろ」といきなり相撲で勝負することになり……!?
京の街を守る剣客集団「壬生浪士組」、通称“ミブロ”に加わって3日目の朝。ミブロの面々の顔と名前を覚えてきたにおだったが、田中太郎という見慣れない少年と対面する。におと同い年で、芹沢鴨に連れられてミブロに置いてもらっているという。ところが、なぜか土方歳三は「太郎にはあまり関わるな」とにおに告げる。そんな中、芹沢が酒に酔った勢いで仲間を斬ったことが判明。芹沢は、太郎に死体を始末するよう言いつけて……!?
朝の稽古中、斎藤はじめとの勝負に敗れてしまったにお。自分の無力さを痛感しつつも、だからこそ「そこにいたいなら姿勢で示す!」と近藤勇に稽古をつけてもらう決意をする。「及ばないならせめて汗をかく。誰にもできることをコツコツと!」その後、土方歳三、はじめとの市中の見廻りでは、子供を人質にとった男を発見する。下手に刺激しない方がいいと、はじめが冷静に分析するが、におは「その子を放せ!」と思わず叫び……!
「会津藩から正式にお預かりの話が出た」という芹沢鴨からの報告を受け、山南敬助は尊王攘夷の嵐吹き荒れる京の街で、「命を懸けて戦う覚悟はあるか」とミブロ一同に問う。「本当に“死ぬ覚悟”があるだろうか?」におが自問するなか、隊士たちは次々と覚悟を語り決意を新たにする。「我ら壬生浪士組。京の街を守る。志は一つ!」訪れた会津藩でミブロは、暗殺者の対処を命じられる。一方、におは世都という少年に出会い……。
におとはじめの前に、暗殺者の木村寿太郎が現れた!はじめと寿太郎が一触即発の中、二人の間に入ったにおは話し合うことを提案する。子供らしからぬ強さをもつはじめに、勇気も知恵もあるにお。そんな二人に寿太郎は、「君らはだまされているのだ」と異国を排除すべき理由を語り始める。国の未来を想う熱き志と覚悟に触れたにおだったが……。さらにそこへ、暗殺者の京四郎もあらわれて……!?
鶴屋に向かったにおは、単刀直入に世都を問いただす。暗殺者・木村寿太郎に、自分たちの居場所を教えたのは世都ではないかと。ところが世都は、自分ではないと反論し……。そんな中、暗殺者たちが出入りしている宿をつかんだミブロ一同。女将から部屋の中で刃物を振り回さないようお願いされる中、向かった部屋にはある老人が――。近藤は、老人と茶を酌み交わそうとするが、果たしてその真意は……!?
会津藩を襲う暗殺者「五匹の悪魔」最後の一人、宗助は必死に走っていた。仲間の一人が殺され、他の仲間は誰も約束の場所に現れない。「まさか全員捕まったのか?」と焦り、一刻も早く京の街から逃れようとしていた。そんな宗助をミブロは追い詰める!近藤の挑発をきっかけに、におと勝負することになった宗助。「僕が勝ったらあなたはおとなしく捕まる。あなたが勝ったらこのまま逃げるのを見逃す」におの提案に、宗助は――。
ミブロで大酒飲み大会が開催され、ついに土方と芹沢の一騎打ちに!その中で芹沢が発した“故郷に縛られるな”という言葉を受け、におは“なぜ自分が京の街を好きなのか”を考え込んでしまう。翌日。隊服にする揃いの羽織を作るため、におたちは婆ちゃんの団子屋へ。婆ちゃんの故郷への思いを聞くことで、自分が京を好きな理由に気づかされ、更に思いを強くする。そして、ここで人生における重大な人物と出会うことになり…。
ちりぬ屋に謎の少年・菊千代がやってきた。無性に腹が減っていると言い、店にある全種類の団子を注文。ところが金はないと言うなどただならぬ様子。そんな中、店に入ってきた怪しげな大男。菊千代は、今すぐ店から離れるよう、におに伝える。すると、大男は異様に長い刀を店の中で振るおうとしていた!におたちは大男に立ち向かうが……。菊千代との出会いをきっかけに、ミブロの新たな戦いの幕が上がる!
菊千代こと徳川家茂将軍を刺客から守りつつ二条城へ送り届けることになったミブロ。三組に分かれ、囮作戦を実行。におたちが城に着くまでの時間を稼いでいた。直純から逃げるにおと菊千代は、二条城の近くでついに菊千代の部下と合流できたものの、彼らは追いかけてきた直純に斬られてしまう…。「首をもらうぞ、家茂」迫りくる直純と対峙し、におは菊千代に逃げるよう呼びかけるが、菊千代は「なぜこのようなことをする?」と直純に問いかける。
辛くも菊千代を逃がし、決死の覚悟で直純に食らいつくにお。しかし、自分だけ逃げることはできないと、菊千代は戻ってきてしまう。絶体絶命の状況の中、姿を現したのは土方だった!「上様を二条城まで送って差し上げろ」土方の言葉に、におは菊千代と城へ急ぐ!一方、久しぶりの“手応えのある男”の登場に、思わず笑みを浮かべる直純。「貴様にとって武とは何だ!?」と土方に問いかけるが、土方からは思いもよらぬ答えが…!?
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