突如、謎の男に襲われた一ノ瀬四季。養父の剛志に連れられて逃げる中、出生の秘密を告げられる。実は四季は“鬼”の血を継ぐ存在であり、“桃太郎”の血を継ぐ者たち“桃太郎機関”に狙われているのだと――。
桃太郎に対抗する組織“鬼機関”の一員・無陀野無人は、戦いで負傷した四季を回収する。意識を取り戻した四季に、無陀野は審査を開始。鬼の血に目覚めた四季が鬼機関に有用な人材か、冷徹に見極めようとする。
羅刹学園への入学初日。四季たち新入生に与えられた課題は、無陀野との“鬼ごっこ”。負けたら即退学というルールでありながら、四季は同じ1組目に選ばれた皇后崎迅の挑発に乗り、開始早々戦い始めてしまう。
血蝕解放を成功させた四季は、造り出した銃で血の巨人を倒すが、血を使いすぎたせいで行動不能に。一方、皇后崎は、倒れた四季や帆稀を顧みることなく「鬼役を殺せば即卒業」という特別ルールに則り、無陀野に挑む。
鬼機関京都支部の危機を知った無陀野は、四季たちを連れて救援に向かう。京都では、桃太郎機関戦闘部隊の隊長・桃宮唾切が副隊長・桃草蓬らと共に鬼たちを襲撃。恐ろしい計画を進めようとしていた。一方、鬼機関の京都支部では、大量に運び込まれてくる負傷者の治療に追われていた。無陀野は、四季たちを援護部隊総隊長・花魁坂京夜に預け、自身は桃太郎の襲撃を防ぐべく前線へと赴く。皇后崎たちが救護の手伝いを始める中、四季は保護された少女・芽衣の面倒を見るよう言われる。桃太郎機関の襲撃により両親と離れ離れになった芽衣に、四季は明るく声をかける。だが、ほどなくして、運ばれてきた遺体の中に芽衣の両親がいて……。
運び込まれた鬼の遺体には、唾切の細菌が仕込まれていた。唾切の能力により操られた遺体が、かつての仲間たちに襲い掛かる。戦闘能力を持たない援護部隊や怪我人に対抗する手段はなく、京都支部は壊滅の危機に陥る。
援護部隊総隊長・花魁坂京夜と皇后崎が、京都支部に侵入した唾切と蓬に遭遇する。花魁坂は伝令の指示を出して皇后崎を撤退させる。対する蓬は、桃の力で巨大な黒い箱を造り出し、京都支部を丸ごと閉じ込めてしまう。
アグリに襲われ、バラバラになった四季たち。漣水鶏は血蝕解放を使い、一匹のアグリを倒すも、続いて現れたアグリに殺されかける。その光景を目の当たりにしながら、手術岾ロクロは何もできずに怯えていて……。
四季と対峙し、本気を出すと宣言した唾切。用意していた“棺桶”を開くと、中から桃太郎が現れる。仲間すら人形にするのかと怒りを露わにする四季に対し、唾切はこの死体が自ら望んで人形になったと明かす。
京都で鬼と桃太郎の激戦が繰り広げられる中、東京の桃太郎機関本部には五月雨の姿があった。21部隊隊長・桃巌深夜の挑発を受け流しながらも、五月雨は“鬼神の子”の1人である四季は自分が殺すと断言する。
鬼神の力“炎鬼”を覚醒させた四季の力は圧倒的だった。巨大な炎に飲み込まれながらも、唾切の鬼への殺意は揺るがない。それは己が操る人形であり、かつて唾切を導いた桃太郎・桃部真中への誓いであった。
ひどく荒れた天気に見舞われた羅刹学園。修行を終えた四季たちが風呂場で憩いの時を過ごしていると、無陀野から避難訓練の実施を告げられる。体育館に集められた四季たちは、訓練としてそこで一晩明かすことに。
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