現代的な暮らしや乗り物の話を聞いて人間の国に憧れる魔法使いの少女チャッピーは、魔法の国の全てが古臭く感じられて仕方がない。家族で退屈な儀式やパーティに参加させられたチャッピーは、偶然強力な魔法が使える魔法のバトンを手にしたので、弟のジュンと二人でパーティを抜け出して人間の国に来てしまうが、そこは思っていた世界とは違っていた。しかも魔法で建てた家を不良たちに占領されてしまい大ピンチに…。
ドンちゃんとジュンのおかげで、チャッピーにはじめてミチ子という人間の友達ができ、人間の学校にも通わせてもらおうとするチャッピーだが、魔法の勉強の方が大事だと、オババに地下室で魔法の薬の勉強をさせられていた。ジュンがミチ子の弟の一平、二平に助けを求め、彼らがオババにイタズラをしたので、お仕置きでジュン、ドンちゃんと一緒に誰も知らない、怪獣もいる世界に飛ばされてしまう。
チャッピーの家のパパが何のお仕事をしているのかわからず、大事件を起こした犯人ではないかと近所でも話題になっていた。ミチ子のお父さんがそれを打ち消してくれたが、パパが魔法使いであるのをバレないように、パパに会社に勤めてもらうフリをするように頼むと、通勤ラッシュだけで音を上げる始末。そこで画家になったということにするのだが、今度は小学校の校長先生が絵の仕事を頼みに来てしまって。
ジュンと一平が、相撲やメンコ、竹馬といろいろな勝負を重ねるうちに、お互いがやったことのないもので勝負を決めようということに。そこでパパが、何の勝負が良いか占うと、東名高速道路でヒッチハイク対決をすることに! ただ、勝負が始まってみると、二人の乗り込んだ車が無人で坂道で疾走する危険な状態に。駆け付けたチャッピーが二人を助けようとするがパパは魔法を使うのを反対して…!?
いつもチャッピーに弟扱いされて面白くないドンちゃんは、年下扱いされないようにジュンの魔法で人間にしてもらおうと考えた。ところが、ジュンが魔法のモデルとして選んだのが、家出をしてギャングの手下として働かされていたゲンという少年で、ドンちゃんはゲンの妹とも子に、本物の兄に間違われて、とも子の家に連れて行かれてしまう。一方本物のゲンはギャングの一味に強盗の見張り役にされそうになっていて…。
うちは母親を亡くしているので、弟たちに、母親のいる生活を味わわせてあげたいとミチ子に言われたチャッピー。丁度パパとケンカして家を出ようとしていたママに頼んで、一日だけミチ子たちの母親になってもらうことに。だが、事情をしらないジュンやドンちゃんがパパに言いつけ、パパも気が気ではない様子。そしてママを取り返そうと、ジュンたちは魔法でママの邪魔をはじめてしまう。
アルトとテノールという二人組の悪者が、ドンちゃんの乗る車の性能に目をつけた。スポーツカーレースに出場させ、性能が知れ渡った上で車を盗んでしまおうとドンちゃんにレース出場をすすめた。一方ドンちゃんが活躍するのが面白くないジュンが、魔法でレースの邪魔をはじめる。その上ゴール直前では車を捕獲しようとアルトとテノールが狙っていた。果たしてドンちゃんは無事ゴールできるのか?
ジュンとドンちゃんが、魔法でミチ子に迷惑をかけてしまったり、チャッピー自身が、行儀が悪くなったりということで、人間の国は環境が悪いと考えたパパは子供たちを魔法の国に帰すと言い出す。それを取り消すための条件は、家出したドンちゃんを夕方5時までに捜し出すこと。しかしドンちゃんは、ドンちゃんを珍しい動物と狙う悪者にさらわれようとしていた。果たしてチャッピーたちは夕方5時に間に合うのか?
ミチ子やしず子に近づく、怪しい者たち。それは魔法の国の無法者、デビア婆とその手下でした。強力な魔法が使えるチャッピーがもつ魔法のバトンを狙って、チャッピーを罠にかけてしまう。デビア婆はパパに恨みがあって、魔法で仕返しをしようというのだ。チャッピーを人質にして、強力な魔法が使えるバトンを手にしたデビア婆は、パパと魔法合戦をはじめてしまう。果たして手に汗握る対決の結末は?
公園に置かれた機関車をずっと見つめ続ける老人。彼はその機関車・D51と共に青春過ごしていて、もう一度だけD51を走らせることを夢見ていた。ところがそのD51が外国の博物館に展示されることが決まり、チャッピーはその前に魔法の力で老人の夢をかなえてあげようとするのだが、それは魔法のバトンを使っても、命がけになるほど大変な魔法だった。チャッピーは無事老人の夢を叶えることができるのだろうか?
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