第二次大戦末期、サイパンより発進したＢ２９の特別爆撃編隊が関東地方に浸入。群馬県の山間部にあった軍の施設を爆撃し、Ｂ２９も場所にそぐわぬ強力な対空攻撃によって撃墜された。５０年後、その山間部で村の青年団の若者たちが何物かに惨殺される事件が勃発。報道チーム・マクベらの調査ではどうしても人間の仕業とは思えない事ばかりが露呈してくる。そして遂に現れた、巨大な生物の正体とは！？
とある研究室で発見された防犯カメラの監視映像。そこには驚くべき事に、体を四散させて爆発するおとこの姿が記録されていた！その正体は、かつてノースカロライナ州で発生した毒性プランクトン（フィエステリア・パスサイド）の変異細菌・・・。この細菌を大量殺人の道具として使おうと企むテロ集団・キマイラの妖艶な美人ボス・メイファ。親友が事件の犠牲となった事を知るマクベは、キマイラへの復讐をかけた怒りの宣戦布告を突き出した！！
１００年以上前に撮影されたフィルム。そこには、どこかの村で記録された夜神楽の様子が映し出されていた。そのフィルムの出所を探るマクベらの前に、突如として現れた謎の男、稗田と仮面の美少女。しかもその美少女は１００年前のフィルムに映っていた女の子と生き写しだ！稗田はフィルムと少女を奪おうとマクベたちに圧力をかけ始める。いつしか少女に思いを抱き始めていたケンは、不思議な力によって導かれた村へとマクベたちを案内するのだが・・・彼らがそこで目撃した、少女の本当の正体とは！？
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