何者かの待ち伏せにより証人護送中の警察車両が銃撃される。同乗していた警官3名は死亡し、証人も重症で病院へ運ばれるが、別の車両で先導していたリンジー・デントン警部補だけは無事だった。スティーブ・アーノットらAC-12の面々は、事件当夜の状況やデントンの証言からこれを疑問視。証人護送という警察内部情報の外部漏洩があった可能性と、それに関わった人物としてデントンへの疑いを強くしていく。
銃撃にあった証人が入院する病室に何者かが侵入。アーノットと、新しくAC-12に配属されたジョージア・トロットマンはその場で侵入者と揉み合いになる。その直前、デントンがどこかへ電話をかけているのを掴んでいたAC-12は、この一件でより本格的にデントンの調査に乗り出す。護送車に同乗していて死亡した証人保護官と警察学校の同級生だったケイト・フレミングが、デントンの部下として潜入することになるが…。
AC-12のリーダーであるテッド・ヘイスティングスは、襲撃の中で唯一無事であったこと、証人の病室に何者かが押し入った際に病院に電話をかけていたことを状況証拠としてデントンを逮捕する。デントンは保釈を請求するも認められず、刑務所に収監され、更に刑務官や他の受刑者から執拗な暴行を受ける。フレミングは刑務所へ赴いて更にデントンを取り調べるが…。捜査が進むに連れ、真の黒幕が明らかになっていく。
デントンが警察高官であるドライデンの事件への関与をほのめかしたため、AC-12の面々は彼への聞き取りを行う。そんな中、銃撃によって死亡した警察官の夫が金銭と引き換えに襲撃の手助けをしたとして逮捕されてしまう。病気の母を見舞うための外出許可を得るため、再度AC-12の聴取を受けるデントン。そこで彼女はドライデンと不倫関係であったことを証言したが……。
汚職警官たちによる大きな陰謀に巻き込まれていたデントンは、自分の人生をかけてこの陰謀と戦うことに。一方、AC-12は汚職警官と犯罪組織とのつながりをみつけるため、とある人物の身元を調査していた。また、アーノットの捜査によりデントンとドライデンの過去の関係について新たな事実が判明する。ドライデンと襲撃事件をつなぐ証拠が次々と浮かび上がってくる。
AC-12は遂に、警察内部に存在する犯罪集団の正体にたどり着く。これによりアーノットはデントンの無実を確信したように見えたが、同じAC-12のメンバーであるフレミングはデントンが襲撃に関わった証拠を捜して更に調査を進めていた。
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