世界連邦設立50周年の観艦式、その象徴たる戦艦オリオン号が謎の爆発に見舞われて轟沈した。検出された放射線から推測すると、どうやら今回の事件にはパルタ軍が関与しているらしい。そこで連邦軍は、完成したばかりの最新鋭艦RX20をその海域の調査に回すことにする。
デビル12号が、ついにレインボー戦隊を全滅させた! しかしそれはデビル12号だけではなく、他のパルタ兵からも「全滅させた」との報告が入っていた。実はロビンたちは無人火山島・ロック島の秘密基地に潜んでおり、自分たちそっくりの人形を使ってある作戦を実行していたのだった。
地球攻略のための前線基地を建設しようと、パルタ軍は地球に一番近いグリース星に目をつけた。その頃、飛べないことを仲間たちからバカにされた教授とベルは、ロビンの父・ポルト博士の研究室にこもって専用飛行機の制作にとりかかる。
ロビンたちが宿泊するホテルにやってきた少女シゲコ。どうやら国際会議場の掃除係をしている父・今村がもう3日も帰って来ないらしい。彼女に接触し、深入りするなと警告を発した男の存在も気になるところだ。しかし捜索を依頼したその夜、何と父が何事もなかったかのように家に帰って来る。
パルタ軍の攻撃もなく、ここしばらく平穏な日々が続いていた。そんなある夜、グリニッジ天文台が謎の円盤をキャッチする。6ケ月ぶりの襲撃かと出動したレインボー戦隊は、宇宙空間でパルタ皇帝を乗せた巨大ロケットと遭遇。その護衛円盤と戦闘に入った。
墜落の危機にあった所属不明の戦闘機。それを発見したレインボー戦隊は、機体を近くの島に不時着させパイロットを救助した。だがそのパイット、実はたった一機で世界連邦軍の戦闘機部隊をキリキリ舞いさせたパルタ軍のエースパイロット「パルタの鷹」だった。
世界各国の防衛軍基地が謎の爆発によって次々と壊滅していった。しかし現場にパルタ軍の痕跡はどこにもなく、ハンカチやハイヒールなど婦人の高価な衣装小物程度しか発見されず謎は深まるばかり。とりあえず次に狙われるだろう、最新式のマンモス宇宙ロケットが配備されたパリの基地の警備をロビンたちは始める。
ロビンの元に届いた一通の招待状。それはブラックサーカス団からのものだった。しかし会議に出席しなければならないロビンは欠席。残されたリリたちは「ロビンが働いているのに自分たちがサーカスに行くわけにはいかない」と言うウルフに黙って観覧に行ってしまう。
南極に仕掛けられた秘密メカ「デッドヒーター」。それが放つ熱エネルギーによって、12時間後には地球全土が未曾有の洪水に見舞われる危機に直面していた。南の島で休日を過ごしていたレインボー戦隊は、世界連邦からの召集を受けて調査を開始、南極へと急行する。
施設の一つをパルタ軍に明け渡すことを条件に、和平交渉を進めようと常任理事のコントスが派遣された。パルタ軍のブラック将軍は「利用次第では侵略の一歩になる」とコントスとの会合を快諾。しかしコントスが搭乗していた専用機が、護衛のラムダー大尉によって乗っ取られ近くの島に強制着陸されてしまう。
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