国際ダイヤモンド輸出機構の刺客がマリネラに上陸したとの知らせを聞き、バンコランが捜査にやって来た。相手は新たなダイヤの鉱床を狙っているようで、現場に入ったパタリロとバンコランは刺客に乗っ取られた警備ロボットに襲われてしまう。追い詰められたパタリロとバンコランを救ったのは、パタリロが開発した自立思考型スーパーロボット「プラズマX」だった!! だが彼は、戦闘力は高いが家事全般が趣味という超・平和主義者。そのため、難を逃れたパタリロは強い結婚願望を打ち明けられる。
プラズマにアフロ18を紹介したものの、アフロはワガママで美少年にしか興味を示さない。お陰でプラズマは顎で使われ、パタリロやタマネギたちは「プラズマをもっと男らしくさせなければ」と立ち上がる。しかし男らしく出来ないまま、プラズマは偶然恐竜の卵を発見したことで、別の幸せを感じるようになってしまった。恐竜に「親」だと思われ、「育てる」という新たな喜びを見出したのである。そのせいですっかり相手にされなくなったアフロは寂しさを感じるようになる。
深夜の交通事故で事故死した美少年「ジュリエール」。麻薬密売に関係するという彼がマライヒとそっくりだったことから、マライヒが潜入捜査をすることになった。しかしMI6だけではなく、スコットランドヤードまでクチバシを突っ込んで、何やら混沌とした雰囲気に…。バンコランからマライヒへの連絡係としてパタリロまで捜査に参加することになり、さらに暗雲たちこめる捜査状況。それでも密売人のスコッチをおびき寄せようと、マライヒがジュリエールに成りすましてクラブでピアノの弾き語りを演じた。。
大富豪のセントクレアが主催する「卵卵友の会」では、珍しい卵を孵化させた人物にトロフィーが授与されるらしい。会員はすべてエリートだというその会に参加しているパタリロは、「今度こそトロフィーを!!」と意気込んでいた。去年のアヒルコンテストで優勝したアヒルの卵を輸入し、さらに放射線を浴びせてスーパーアヒルに突然変異させようとするパタリロ。しかし僅かな計算違いにより、アヒルは超ビッグサイズで誕生!! パタリロは仕方なく倉庫に住まわせることにするが…。
以前、西ドイツのロボット研究所で共に学んだ「スカンキー」が、久しぶりにビデオレターを送ってきた。彼は「お互いが作ったロボットを友だちにさせてみないか」と提案し、自分が開発した美少女ロボット「スクン1」を一方的に送りつける。しかしこのスクン1、無駄にお色気を振りまいてプラズマに猛アタックしては、何故か必要以上に彼につきまとい始める。実は彼女には「プラズマの性能を確かめる」という、スカンキーからの指示が下されており、そのためにスパイ行為をしていたのだった!!
バンコランのアパートに、パタリロそっくりの少年が出現した。何と彼こそ400年後のパタリロの子孫、「パタリロ10世」!! 10世によると24世紀は世界がひとつに統合され、各地域の代表者が世界を動かしているらしい。しかしその統一委員会がひとりの男に支配され、存亡の危機に晒されているというのだ。支配者の名は「マスターウォン」。彼は眼力による催眠能力を悪用しており、統一委員会を牛耳っていた。そして催眠能力が効かないパタリロ10世を、タイムマシンで過去に追放したのである。納得したパタリロはタイムワープの能力を使い、10世と共に早速24世紀へと旅立つことにする。
習性も行動も、何もかもが常人離れしたパタリロ。ではその彼の日常とはどんなものなのだろうか? それは早朝、目覚まし時計との格闘から幕を開ける。そして歯磨きからブラッシング、マッサージなど、朝の身だしなみを全自動メカに任せるのだ。国王としての仕事は、そのほとんどが書類整理にある。膨大に積まれた書類にひとつひとつ目を通し、判を押していくのだ。そういったことは、ドクトル・ザンゲのように大使代理を装った暗殺者が現れても変わることはない。
パリを訪れたパタリロは、部下が主君に永遠の忠誠を誓ったという、伝説の「忠誠の木」のことを知った。そしてそれをモチーフに、フランス文学新人賞に応募する作品を書き上げようとする。パタリロはフランス文学を専攻していたタマネギ16号を伴ってタイムワープするが…。フランス革命を直後に控えた当時にタイムワープしたパタリロと16号は、旅行者を装って郊外の民家に世話になることにした。そこには庶民の少女「ジェンヌ」が住んでおり、素顔に戻った16号と親しい仲になっていく。
アルファ工業の社長が血液を探しているらしい。息子「ニコラ」が心臓病の手術を受けることになったものの、希少血液の持ち主だったため輸血用の血液を求めていたのである。マライヒの記憶によると、どうやらその希少血液の持ち主のひとりがパタリロのようで…。マライヒから知らせを受けたパタリロは、社長から謝礼が出ると聞いてさっそく駆けつけた。しかし彼は国際ダイヤモンド輸出機構に狙われている身。そこでバンコランがボディガードを買って出て、殺し屋のリーダー「フィリップ」と対決する。
プララが宮殿のアイドルになってから、パタリロは妙な疎外感を感じていた。食事はネコマンマ、タマネギたちにも無視され…、それはやがてプララに対する嫉妬心となり、宮殿の一角に勝手に住みついた謎の老婆「パタババ」につけ込まれてしまう。パタババに取り憑かれ、邪悪な気持ちでプララを破壊しようとするパタリロ。分解しようと工具を手にしたり、地底湖が溢れ出したというダイヤの採掘現場に行って濁流に突き落とそうとしたり…。そしてその度に、我に返って猛烈に取り乱す。
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