ハイレインの攻撃によって、キューブにされてしまった千佳。ミスから千佳を窮地に追いやった自分を責め、呆然とする修。だが、共に戦うボーダーの仲間たちの想いに奮い立ち、千佳を救うべくボーダー本部基地を目指して走り出す! そのボーダー本部基地では、侵入したエネドラと諏訪たちが激闘を繰り広げていた。
ボーダー本部の仮想戦闘訓練室で、エネドラを追い詰める忍田本部長。しかし、エネドラのブラックトリガーによる反撃は凄まじく、複数のボーダー隊員の連携攻撃を相手にしても、一歩も退く様子はない。予断を許さぬまま一進一退の攻防が繰り広げられる中、ついに戦局が動く…!
千佳のキューブを持った修が基地に辿り着くまでの時間を稼ぐため、烏丸は玉狛のトリガー・ガイストを起動する。ガイストは凄まじい力を発揮する代償に、わずか200秒で強制的に緊急脱出(ベイルアウト)させてしまう諸刃の剣。烏丸は、迅の予知を受け、全開での戦闘をハイレインとの戦いにとっておいたのだ。
三輪は上級者向けのトリガー・鉛弾(レッドバレット)を巧みに操り、ハイレインに対して互角以上の戦いを繰り広げる。一方、遊真とヴィザの戦いは最終局面を迎えようとしていた。ヴィザの操るオルガノンを前に劣勢を強いられる遊真。彼の脳裏に去来するのは、父・有吾の遺した教えだった…。
ヴィザを倒すも、遊真のトリオンは残りわずか。三輪もあと一歩のところで戦場から引き離され、修はボーダー本部基地を目前にしてハイレインに追い付かれてしまう。絶体絶命のその時、遊真、そしてブラックトリガー・風刃を起動した三輪が、敵将ハイレインに対して、渾身の一撃を放つ!
激戦の末、アフトクラトルは撤退、第二次大規模侵攻は終結した。しかし、傷跡は決して浅くはなかった。三門市の復旧に追われるボーダー、行方の分からなくなったレプリカを探す遊真、そして、意識の戻らない修…。修は夢の中で思い出していた。なぜボーダーに入ったのか、なぜそこまでして千佳を守るのかを。
病院のベッドで修が目を覚ますと、母・香澄と千佳がそこにいた。眠っていた一週間もの間に起きた出来事を母や栞に聞かされ、修はただ驚くばかり。病院にはボーダー上層部の唐沢も現れ、修を外に連れ出す。到着したのは、ボーダーによる記者会見の会場。今回の大規模侵攻についての発表が始まろうとしていた…。
ボーダー幹部の根付が記者会見に工作をしたのは、先の大規模侵攻によってもたらされた被害の責任が組織全体に及ぶのを避けるため、修個人をスケープゴートに仕立てるためだった。しかし、修は集まった記者たちを前に迷いの無い自分の想いを語り、場の空気を一変させる。そして、新たな戦いの幕が上がる…!
B級ランク戦に、鮮烈な勝利でデビューした三雲隊。次の対戦相手は、大規模侵攻の際にアフトクラトルと死闘を演じた、B級8位の諏訪隊、そして同10位の全員がスナイパーで構成される荒船隊だ。戦いに備え、玉狛支部で作戦を考える修だが、あらゆる可能性が考えられるため、なかなか結論を出すことができない。
ボーダーB級ランク戦のラウンド2が始まる。ケガの直った修も合流し、遊真、千佳と共に揃いの隊服に身を包む。玉狛第二こと、三雲隊の本格始動だ。諏訪隊と荒船隊に立ち向かうため、ステージ選択権のある修が選んだ戦いの舞台は、高低差のある市街地ステージだった。修の導き出した作戦とは一体…?
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