「俺も愛のために命をかけて戦ったぜ」(モーリー)恐竜の化石から甦ったモンスターが、キティ研究所へと押し寄せてくる。クーゴは親友モーリーと共にキティ博士を守るが、最後の希望であるギャラクシー・アンテナを壊されてしまう。キティ博士はやむなく研究所ごと宇宙へ避難し、太陽に向かってギャラクシー・エネルギーを放射する方法を選ぶ。避難所のパトロールにでかけたクーゴとモーリーは、再び現れたモンスターと戦うことに。だが、そこでモーリーが命を落としてしまう…。
「いいえ違います、わたしは魔女などではありません!」(オーロラ)コスモス号の後を追うクーゴだが、その行方は一向にわからずにいた。そのコスモス号は海底惑星であるアテランテスに不時着し、守護神像を壊してしまった。しかも兵士たちの奇襲を受け、姫がとらわれの身となってしまう。ハッカとジョーゴも捕虜として牢に繋がれてしまい、絶体絶命のピンチに。地震発生機を使ってアテランテスを支配していたギルスは、オーロラ姫を魔女だとして裁判にかけ、いけにえの淵に沈めよという決定を下させる!
「あと二日、太陽が光輝いていてくれればいいのですが」(キティ)クーゴたちはアテランテス星系を抜けた。だが、安堵したのも束の間、ドッジ助教授から太陽に向かって放射していたギャラクシー・エネルギーの残量が残り少ないことを知らされる。エネルギーは持ってあと二日。それを過ぎると太陽系はどうなってしまうかわからないというのだ。クーゴたちは大王星へと急ぐが、ガス状星雲の竜巻に遭遇したため、小惑星の中に逃げ込んで嵐をやり過ごすことになる。わずかな休息を取る一行に、アメーバ状の物体が不気味に迫ってくる!
「たった一日、いや一時間でもいい、平和な時にあなたに会いたかった」(ベラミス)大王星を目前にしたコスモス号は、謎の黒雲に追いかけられて月へ逃げ込む。黒雲の正体は粒子モンスターだと判明するが、つかみ所のない相手に大苦戦。クーゴは戦いの最中にベラミスと再会し、一時休戦して強敵に立ち向かうことになる。粒子モンスターを倒すには、電磁エネルギーでコアを破壊する以外にない。べラミスは星を失った人々の願いを背負い、命をかけてモンスターに向かってゆく!
「オーロラ姫、また苦しい旅に立ってもらわなければなりません」(キティ)大王星へ呼び戻され、オーロラ姫と再会したクーゴたち。彼らはキティ博士から、ギャラクシー・エネルギーの届かない辺境の星・ゴルゴア星系の人々をモンスターの手から救い出して欲しいと要請される。ゴルゴアの王女プレネに自分の過去を重ねたオーロラ姫は、人々に平和をもたらすため再びコスモス号で旅立った。第一の惑星に到着した一行は、ゴルゴアモンスター・ドラガの襲撃を受ける。クーゴは未知なる敵に、ドッジ助教授から授けられた新たな力で立ち向かう!
「俺が大王星から来たっていったら、急に神様にされちゃったんだよ」(クーゴ)ゴルゴア星系、第二の星へ向かったコスモス号。スタークローで降りてきたクーゴは、大王星を崇める住民たちに神と間違えられてしまう。彼らの村は一見すると平和そうに見えるが、実はビッグマーというモンスターに支配され、無理やり食べ物を作らされていた。クーゴたちは恋人を奪い返そうとする若者を追ってビッグマーの洞窟に向かうが、妖力の鞭によってすべての武器を奪われてしまう。しかもオーロラ姫まで捕虜になってしまった!
「モンスターに負けねえぐらい強くすてきなもの、それが親と子じゃねえのか」(クーゴ)第三の惑星・アムル星をめざして旅を続けるクーゴたち。だが、アムル星はすでにゴルゴアモンスター・ジェミンガにより支配され、心を操られた人々は互いを憎み合い、相手が誰であろうと死ぬまで戦わされ続けていた。二人の兵士が戦う姿を見たクーゴは、戦いを止めさせるため麻酔光線で二人を眠らせてコスモス号へ連れ帰る。姫から二人が親子だと聞かされたクーゴは、なんとか無益な戦いをやめさせようとするのだが…。
「よくも騙したな、しかもなんの罪もない子供たちまで…もう許せん!」(ハッカ)クーゴたち一行は、豊かな緑に囲まれた美しい星・トパズニアにやって来た。だが、子供の姿がどこにも見当たらず、町の人々は質問されたことに答えようとしない。不審に思ったオーロラ姫は学校を訪ねるが、校長から「この星にモンスターなどいない」と言われて追い返されそうになる。確かに子供たちはおいしい食事を与えられ、何不自由なく暮らしている。子供好きなハッカはピコという少年と仲良くなるが、不審を抱いたクーゴはミクロ変身で校内を探索、隠されていた恐ろしい真実を暴く!
「きれいなのは見かけだけだ、やっぱりモンスターがいやがる」(クーゴ)ゴア星を訪れたコスモス号。出迎えた女王からモンスターとの戦いがあったと聞かされ、クーゴは様子を見に硫黄の谷へと向かう。ところが突如としてゴア星人の部隊が現れ、彼を逮捕してしまう。指揮をとっていたのはモンスターではなく、アンドラという少女だった。軍人だった父の意思を継ぎ、戦いのために命を捨てることも構わないアンドラに、クーゴは命を粗末にしてはいけないと諭す。共に戦う仲間となった二人の前に女王が現れるのだが…。
「クーゴ、俺の命、お前に預けたぜ」(ジョーゴ)かつてクーゴに破れたモンスター・ドラガは、復讐のためにクーゴに化け、スパレタ星に攻撃仕掛けた。彼はオーロラ姫に服従することを拒絶する王の息子に大怪我を負わせ、人々に憎しみの心を植えつける。そうとは知らないクーゴは身に覚えのない罪によって攻撃を受けてしまう。ジョーゴが人質になることを条件に、クーゴは自らの手で偽者を捕まえることになるが、もしも真犯人を捕まえることができなければジョーゴの命は奪われてしまう!
「私たちは今のままのほうが幸せなのです」(国王)青く輝く星と呼ばれたソルブルー星。ギャラクシー・エネルギーが弱まったため、今はその面影はなく、宇宙のゴミが集まるガス状のかたまりと化していた。オーロラ姫は漂流していた瀕死の若者を助けるが、彼は手当のかいなく命を落としてしまう。せめて亡骸を送り届けようと立ち寄った町では年に一度の祭りが行われており、今の状態に満足しているという王からギャラクシーエネルギーを復活させないで欲しいと言われてしまう。クーゴが涙を流していた人々の態度に不審を抱き、密かに調べ始めると…。
「最後の敵を目の前にして、クーゴさんにアストロ棒がないなんて」(オーロラ)コスモス号はついに最後の難関・魔王ゴルガの本拠地へと乗り込んだ。ゴルガはビッグマーとサバタに命じて、クーゴたちの抹殺をはかる。クーゴはビッグマーとの戦いに巻き込まれた少女を助けようとして罠にはまり、アストロ棒を奪われてしまう。武器を持たないクーゴの身を案じるオーロラ姫。アストロ棒が魔王ゴルガの城にあると知ったクーゴは、奪い返そうと危険を承知である計画を立てる…。
「あいつを倒せば銀河系に本当の平和がくるんだ」(クーゴ)クーゴたちは魔王ゴルガを追って、魔王星の月へ向かった。ゴルガはミュータントの群れを操り、クーゴたちを襲わせる。ミュータントは元々、何の罪もない草や木や動物。クーゴたちはどうしても命を奪うことが出来ずに苦戦を強いられる。彼らを元に戻すには大王星のギャラクシーエネルギーが必要だが、電磁性物質が邪魔をして届かない。怒りに震えるクーゴの放った一撃に、魔王ゴルガはついにその正体を現す。銀河系すべての平和をかけた戦いに、決着をつける時が来たのだ!
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