ドクターヘルの命令を受けたあしゅら男爵は、機械獣・ワインダーA2でゴーストタウンを占拠。機械獣の修理工場を建設し、ゴーストタウンを前線基地に造り替え始めた。しかもシローをはじめとする子供たちを人質に取って処刑台に吊し、助けて欲しくばマジンガーZを放棄せよと要求してくる。甲児は機転を利かせてシローたちを救出すると、逃げるあしゅら男爵に追撃をかけようとするが、背後から現れたワインダーA2の電撃を浴びてしまう。
あしゅら男爵が次々と船舶を沈め、マジンガーZを海中に誘き出した。マジンガーZが海中で威力を発揮する武器を持っていないことに気付いたのだ。海中用光子力ビームのい実験は三博士によって行われていたものの、失敗に終わっていた。それでも恐れずに海に飛び込み、大活躍するマジンガーZ。いったんは退却したあしゅら男爵だが、態勢を整え直して再び戦いを挑んでくる。マジンガーZはもう一度、武器なしの状態で出撃するのだが…。
機械獣・ダムダムL2で地質調査を行っていたあしゅら男爵は、鬼ヶ原でジャパニウムの鉱脈を発見した。現れたマジンガーZによってダムダムL2は追い払われるが、せっかくの鉱石層をみすみすあきらめるわけにはいかない。あしゅら男爵はダムダムL2に改造修理を施して再出撃させ、車椅子の少女・ユミを捕らえて人質に取る。手も足も出なくなったマジンガーZ。あしゅら男爵が、いよいよ宿願を果たす時が来たのか…?
機械獣・ジンライS1が街を空爆。ジンライS1は、マッハ5のスピードで空を飛び、二百万ボルトの稲妻で敵を攻撃する恐るべき力を備えている。出撃したマジンガーZも、街の被害を食い止めるだけで精一杯だった。それ以来、甲児は日がなジンライS1を倒す方法を考え、テスト勉強にも身が入らなくなる。そしていよいよ、決着をつける時が来る。無敵かと思えたジンライS1にも、たった一つだけ弱点があった。
ドクターヘルは、機械獣・エアロスB1、B2、B3を使って富士山を爆発させようと計画を立てる。B1が火口に穴を開け、B2が溶岩を吸い上げ、最後にB3に積んだ核弾頭を起爆剤にして大噴火を引き起こす手順だ。B1とB2は予定通りに任務を終え、いよいよB3が富士山に向かって発進する。計画を察知したマジンガーZは、山頂に立ちはだかってB3を待ち受ける。富士山噴火は何としてでも阻止しなければならない!
ドクターヘルはダイマーU5を完成させた。マジンガーZ同様、操縦者と機械が一心同体になった機械獣だ。マジンガーZはこのダイマーU5の挑戦を退けるが、犬が戦いに巻き込まれて死んでしまう。その犬は人間に捨てられていたところを拾われ、西条という男に可愛がられていたものだった。あしゅら男爵は西条の怒りを利用し、子犬まで殺して甲児に罪を着せる。甲児は西条に殴られ、一時的に目が見えなくなってしまう。
あしゅら男爵は光子力エネルギーの秘密を奪うため、分離機械獣・ベルガスV5でアフロダイAを誘い出し、無人の海王島に建設した前線基地に捕らえた。機体の隅々まで調べる時間を稼ぐため、あしゅら男爵はベルガスV5を出撃させてマジンガーZの足止めを計る。激闘が始まり、マジンガーZはルストハリケーンでベルガスV5を撃破。アフロダイA救出のために基地へと急ぐ。
未だにジャパニウムを奪えないあしゅら男爵は、ドクターヘルの叱責を受けた。屈辱にまみれたあしゅら男爵はマジンガーZと甲児に復讐を誓うが、有効な作戦を見出せない。そこでドクターヘルは、偽者の弓教授と機械獣・ホーガスD5をあしゅら男爵に与えた。会議に向かう弓教授を捕らえて偽者とすり替え、ジャパニウムを盗んで来させようという作戦だ。だが、偽者の爪が黒いことから、さやかが作戦を見破り…。
グレン・ゴーストC3が出現。一万度の発熱板と二本のハンマーを持つ機械獣だ。グレン・ゴーストC3が研究所のレーダーを破壊したため、マイクもバリヤーも使用不能になってしまう。そのうえ、迎撃に出たアフロダイAもハンマー攻撃を食らって操縦不能に。マジンガーZの電気回路にも衝撃のために異常が生じ、全ての武器が使えなくなってしまう。追い詰められた弓教授は、最後の希望を託すため、気を失ったままの甲児に懸命に呼びかける。
ブルタスM3は、胸のダイヤモンドから放つ光線で全てを溶かし、それを吸収してエネルギーや武器に変える機械獣だ。そのブルタスM3から、金儲けのためにダイヤモンドを盗み出そうとした男たちがいた。失敗して追い詰められた彼らの側には、たまたま出会ったシローもいた。シローは時代遅れで何の役にも立たないと嘲笑の的にされていた伝書バトを使って、基地の甲児に助けを求める。
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