ある日、小さなレストランで殺人事件が起きた。執拗な強請りを受けていた男が、恐喝犯である女店主を殴り殺したのだ。男は証拠隠滅は夜になってからと考え、死体を客席の下の物入れに隠した。ところがそこに、金田一と剣持が客としてやって来る。男はとっさに店主になりきって、窮地をしのぎ切ろうとするが…。
はじめは同級生の千家たちとキャンプに出かけた。だが、宿泊する予定だったコテージは荒れ果て、壁には獣の爪痕のような傷まで残っていた。一行は仕方なく別の宿泊地を探し歩き、とある建物にたどり着く。そこはいわくつきの施設で、どこからか野犬の遠吠えが響いてくる。地獄の番犬の影が、はじめたちに忍び寄る!
はじめたちがたどり着いた施設では、医大生たちによる秘密の遺伝子操作実験が行われていた。彼らの中の二人が殺され、はじめは現場で獣の毛と爪痕を発見する。しかも千家が野犬に襲われ、狂犬病に感染してしまったらしい。一同が必死でワクチンを探す中、医大生たちの秘められた過去が明らかになってゆく。
はじめたちは研究所の周囲にバリケードを張り巡らせるが、野犬たちはそれを破って侵入してくる。建物の中では医大生の一人・渡辺が殺害され、元研究所員だった男が姿を消す。一同は彼の行方を捜す途中で階段を発見し、地下室へと降りてゆく。渡辺が残した“最後のクイズ”の答えの中に、事件の真相は隠されている。
“最後のクイズ”を解いたはじめは、ついに事件の真相にたどり着いた。一連の殺人を犯したのは、地獄の番犬・ケルベロスなどではなかった。ある人物が緻密な計画に基づいて実行したのだ。はじめは冴えない顔をしたまま、なかなか真犯人の名前を明かそうとしない。ようやく彼が口にしたのは、驚くべき名前だった。
まだ高校生だった頃、明智警視はケガをしたバイオリニストの代役に抜擢され、東京音芸大学のクラシック・コンサートのステージに立つことになった。ニューヨーク国立音楽院への留学を巡って、楽団内部には不協和音が流れていた。留学候補の筆頭は桐島レオナ。ドクロマークのカードを添えた花束が、彼女あてに届く。
コンサートが始まった途端、会場が暗闇に包まれた。再び明かりがついた時、桐島レオナは冷たい亡骸になっていた。彼女の背中に突き刺さっている矢は、どこから放たれたものなのか?駆けつけた刑事は、残念ながら頼りになる男ではなさそうだ。謎を解いてレオナの無念を晴らすため、明智少年が推理を始める。
はじめには中学一年生だった頃、母親と共に訪ねた雪影村の中学生と仲良くなり、一緒にタイムカプセルを埋めた想い出があった。月日が流れた今、再び会うこともなかった友達から電話がかかってきた。かつての仲間の一人・葉多野春菜が自ら命を絶ったというのだ。はじめは幸せだった過去に隠された秘密に挑んでゆく。
はじめは春菜の葬儀に参加するため、再び雪影村を訪れた。そこで再び悲劇が起こった。昔の友人の一人・杜冬美が遺体となって見つかったのだ。警察は自殺だと主張するが、はじめは隠された原因があると感じて調査を始める。冬美や春菜の家を訪ね歩くうちに浮かび上がってきたのは、春菜の父親・今井龍矢の名前だった。
はじめはまた一人、大切な友達を失ってしまった。想い出を汚す殺人犯は、冬美が殺された時に後からやって来た魚住なのだろうか?真実を追うはじめは各自のアリバイを考証し、殺人現場でついに決定的な証拠を手に入れる。素朴な村で起こった連続殺人事件。はじめは友を失う悲しみを乗り越えて真相に迫る。
はじめが苦渋の表情で真犯人だと指摘した人物は、かつての友達の中にいた。頑強に否定するその人物に対し、はじめは一つ一つ丹念に証拠を突きつけてゆく。あまりにも辛い推理の末に明らかになる事件の真相。悲劇の原因になったのは、美しい記憶の裏に隠された秘密と、長い間それぞれが心に秘めていた想いだった。
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