光子力研究所の研究員たちは、新パイルダーの全面改造とマジンガーZのパワーアップ計画に夜を徹して取り組んでいた。ゴーゴン大公はこれを阻止せんと、機械獣・ユニコーンΣ2に光子力研究所を襲わせる。甲児はマジンガーZを出動させるが、ジェットスクランダーは改造中のために使うことができない。そこで彼は、いったんパイルダーオフ。ジェットパイルダーのミサイルでユニコーンΣ2の翼を破壊し、地上での肉弾戦に持ち込む。
ゴーゴン大公はマジンガーZに本格的な宣戦布告を叩きつけ、強力な機械獣・アポロンA1を繰り出してきた。その頃、光子力研究所では大車輪ロケットパンチの開発が急がれていた。アポロンA1には従来のロケットパンチやブレストファイヤーすら通用せず、手も足も出ないうちに飛行要塞グールの鉄十字軍団が降下作戦を開始してしまう。もはやこれまでかと思われた時、三博士がようやく大車輪ロケットパンチを完成させた!
パイルダーオフした一瞬の隙をつかれ、マジンガーZの機体がゴーゴン大公に盗まれてしまった。ゴーゴン大公は飛行要塞グールに格納したマジンガーを破壊しようとするが果たせず、腹いせに上空から落として研究所にぶつけようとする。甲児は落ちてくるマジンガーに空中でパイルダーオン。完成した新ジェットスクランダーを呼び出して装着し、機械獣・ケントールγ7の磁気嵐を起こす角を新兵器・サザンクロスで切り落とす。さあ、反撃の始まりだ!
アフロダイAが怪鳥型機械獣・バルビアπ7に襲われ、マジンガーZに救援を求める。甲児はバイクの特訓中に負傷していたが、あしゅら男爵が研究所にまで攻撃をしかけてきたため、怪我をおしてマジンガーZを出撃させる。思うように動けないマジンガーZに、バルビアπ7の放った無数の羽根爆弾が襲いかかる。その時、満身創痍になって倒れていたアフロダイAが立ち上がり、身代わりとなるためにマジンガーZの前に両手を広げて立ちはだかった…。
アフロダイAを失ったさやかの悲しみは深かった。しかし感傷に浸っている間もなく、ゴーゴン大公の機械獣・サーペンターI6が襲来する。サーペンターI6には光子力ビームもルストハリケーンも通用しない。勝機ありとみたゴーゴン大公は、飛行要塞グールの機体で建物を押し潰してしまおうと、光子力研究所の上にのしかかってくる。マジンガーZはサーペンターI6との戦いをボスボロットに任せ、急ぎ研究所へと引き返すが…。
アフロダイAに替わる新ロボット・ダイアナンAの完成が目前に迫っていた。沈みがちだったさやかも元気を取り戻し、ダイアナンAのコクピットとなるスーパーバイク・スカーレットモビルの練習に余念がない。このスカーレットモビルが、暴走族のリーダー・ジェロニモに強奪されてしまう。甲児が取り戻しに出向くが、ジェロニモの暴力によって記憶をなくしてしまうのだった。思わぬチャンスを得たドクターヘルは、機械獣・ドラゴUを出撃させる。
ドクターヘルの命令によって、ブロッケン伯爵は飛行要塞グールと機械獣・ブラスターA7を同時に用いる作戦に取りかかった。グールでマジンガーZを誘い出し、手薄になった研究所の地下にブラスターA7を潜り込ませて自爆させるのだ。だが、思わぬハプニングが起きてしまう。マジンガーZの放ったスクランダーカッターが偶然にもグールのコックピットに命中し、ブロッケン伯爵の胴体が真っ二つにされてしまったのだ!
地獄城の地下牢に幽閉されているあしゅら男爵には、もはや鉄十字団さえ従おうとはしなかった。プライドを傷付けられた彼は脱獄を敢行し、ゴーゴン大公の機械獣・エレファンスγ3に搭乗して光子力研究所を攻撃する。その頃、ミサイル攻撃によっておびき出されたマジンガーZは、要塞ブードと決戦を繰り広げていた。ブードは体当たりによって轟沈するものの、マジンガーZも機能を破壊されて海底から動けなくなってしまう。
ゴーゴン大公の機械獣・グリークスΨⅡが、あしゅら男爵の弔い合戦とばかりに光子力研究所に襲いかかってきた。さやかがハイキングに出かけていた甲児に急を報せるが、甲児はいつものヒステリーだと誤解して耳を貸そうとしない。代わりに呼び戻しに向かったもりもり博士は、罠にかかって車を爆破されて命を落としてしまった。甲児はマジンガーZに乗り込み、もりもり博士の遺したアイアンカッターでグリークスΨⅡに怒りの猛攻撃を加える。
光子力研究所の研究員が、ドクターヘルがバードス島の要塞化に取りかかったという内容の通信をキャッチした。研究員のほとんどが罠だと見抜くが、血気にはやる甲児はマジンガーZを動かしてバードス島へ向かってしまう。案の定、島には罠が張り巡らされていた。マジンガーZは完全に動きを封じられた挙げ句、身をかわす術もないままミサイル攻撃を受ける。機械獣・ブラッキーF2まで出現。救援に急ぐさやかたちは、果たして間に合うのか?
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