激しい台風に見舞われ、キャリアセイバーごと山林地区に墜落したケンは、美しい女性さおりに救われる。現地の復興を手伝いながら、次第に絆を深めていくケンとさおり。別れが迫ったある日、再び台風が山林地区に襲った。台風は、資源の枯渇を目論むスクラップ団によって人工的に生み出されたものだったのだ。
街の中に突如として火山が出現した。スクラップ団の仕業だと確信し、早速出動するセイバーキッズ。しかし、原因究明のため単身で地下に潜ったケンは、スクラップ団の襲撃を受け、捕らえられてしまう。ゴウは兄を救い出すため、救助犬ロボのナポを連れて地底に突入し、強力なデストロイドとの対決に挑む。
各界の著名人が行方不明になる事件が多発する中、松五郎が消息を絶った。時を同じくして、Dr.バグから犯行声明が出され、世界連邦が開発しているスーパーエンジンと人質の交換を要求。苦渋の選択を迫られた世界連邦は、人命を最優先し要求に応じる。が、人質は特殊なネットで覆われ、まるで標本のようになっていた。
ウランを多く保有するサンセット島が、突然の独立宣言を発表した。同じ頃、ゴウの部屋の通信機に、サンセット島から救援を求める少女のメッセージが届く。救援メッセージを全く信じてくれない家族にしびれを切らし、ゴウは単身サンセット島へ飛んだ。未完成のステルスシステムを持ち出したゴウを、ケンとランが追う。
大都市ヨークシティでは、増え続けるプラスチックごみが深刻な環境問題に発展していた。そこでぷかりんカンパニーは、プラスチック処理用のロボットを開発する。画期的なこの発明をDr.バグが見過ごすはずもなく、デストロイドを使って破壊工作に乗り出した。翌朝、ヨークシティは謎のバリアによって覆われてしまう。
スクラップ団が新しく開発した<タイムガン>によって、セイバーキッズは過去へと飛ばされてしまう。そこは、先に過去へたどりついたDr.バグが支配する、古代エジプトだった。バグたちに捕らえられたセイバーキッズは、ある女性に救出される。なんと彼女は後世にも名を残している絶世の美女、クレオパトラだった。
タイムガンによって過去に飛ばされたセイバーキッズ。古代エジプトを脱出したものの、今度は20世紀初頭のフランスへ飛ばされてしまった。更に、同じ時代へたどりついたDr.バグの策略によって、ケンが大泥棒アルセーヌ・パルンとして逮捕されてしまう。ゴウとランは本物のパルンと共に、ケンの救出に乗り出した。
再びタイムスリップに巻き込まれたセイバーキッズは、ログという科学者に救われる。ログは、真空管と脳の更なる可能性を追求すべく、自分の体で人体実験を行おうとしていた。しかしDr.バグの妨害により、ログは第二のDr.バグへと変貌してしまう。そんな中、未来から帰還用のタイムガンを完成させたとの連絡が入り……。
セイバーキッズはまたしても時空の裂け目に飲み込まれ、禁酒法時代のアメリカへとたどりつく。Dr.バグと出会ったギャング・ロックは、その不思議な力に目をつけ、投獄されている伝説のギャング、アル・カポネの救出を依頼する。一方、セイバーキッズはギャングに襲われているところをジョーという青年に助けられた。
Dr.バグが謎の衛星を宇宙へ打ち上げた。撃墜に向かったセイバーキッズだが、あと一歩のところで衛星は周回軌道に乗ってしまう。Dr.バグの目的は、各自治区が秘密裏に打ち上げていた攻撃用の衛星を利用し、地球を攻撃することだった。各国の代表が責任の擦り付け合いをする中、ゴウは単身宇宙へ飛び出していった。
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