鉄人21号エアロダイナーが、元F1レーサーのマラネロ=アルマーニ、通称ハイウェイスターに盗まれて高速道路を我が物顔で暴走していた。近くをウラン輸送車が通行するという情報を得たインターポール支部は、事故を未然に防ぐべく正人たちに輸送車護衛とハイウェイスター捕獲命令を依頼する。
ある日、正人が目を覚ますと、そこには双葉そっくりの少年・ハザムがいた。アルファトラ王国の王子であるハザムは平和と正義を愛し、民の幸せのために尽力を注ぐ心優しき少年だった。だが、暗黒組織エイジャーが王国支配を企み王子を誘拐してしまう。正人は王子の側近クレンナと共に王子救出に向かうが……。
インターポール・オーストラリア支部から、人気女優マルガリータ=ライモンドが“深紅の暗殺者”と呼ばれるスカーレット=ローズに狙われているとの情報が入った。現地に赴任中の詩織は、マルガリータ主演の映画完成発表会場で彼女の警護に当たっていた。マルガリータを崇拝する詩織は懸命に勤めを果たそうとするのだが……。
メキシコ近海のビートルアイランドで開催される中南米平和サミットの対テロ警備に当たることとなった鉄人13号アステカと元一。だが突如、街を破壊してまわる恐竜が出現。折しもバイオテクノロジーセンターから爬虫類にだけ効果を発揮するという成長促進培養液が盗まれた直後だった。正太郎は犯人は国際テロリストのビック将軍だという。
ネプチューン団のネモからインターポールに挑戦状が届いた。海底基地を破壊したネモは世界の海を支配したと一方的に宣言、全ての海洋資源や船舶の既得権を主張する。その勝手な言い分に正人たちは正太郎の指令を最後まで聞かずに飛び出してしまった。だが、水中の戦闘では思うように動けずブラックオックは故障し、28号FXは敵に奪われてしまう。
ヨーロッパで停電が続発。インターポール・ドイツ支部のハンスは鉄人20号マインツを伴い容疑者の世界的マジシャン、トランシルバニア伯爵を追うが捕らえられない。一方、ユーロシティは停電でパニックに陥っていた。正人たちも伯爵捕獲に乗り出すが、双葉が伯爵に拉致されてしまった。そして伯爵のアシスタントとして洗脳されてしまい……。
陽子と正太郎は宇宙開発局の招待を受け、ユーラシア共和国宇宙ステーション・ロマノフに赴いた。出迎えた主催のアシモフ博士の心臓を陽子が設計していた縁もあり、二人は歓迎される。だがパーティーが始まるや否や、モニターには3年前に大量の核ミサイルを盗み出した宇宙海賊コルドロンの姿が映し出され……
エネルギーが盗まれている!?報告を聞いた正太郎は、正人にアフリカへ飛ぶことを指令。その正太郎の脳裏に40年前が蘇えっていた。かつて正太郎は鉄人と共に、アフリカ最大のエネルギープラントを破壊しエネルギーを吸収して進化するメタル・サタンを倒していた……。だが、長い歳月をかけて更なる進化を遂げたメタル・サタンが再び出現する。
大英博物館秘蔵の王冠が盗まれた。ロンドンに赴いた正人たちの前に、かの有名スパイの孫であり鉄人19号キングダムのパイロットでもある英国情報部のチャールズ・ボンドが現れた。しかし初対面から反りがあわない両者は、別々に捜査を進める。
インターポール内部で反乱が起きた。鉄人15号ビレンドラとそのパイロット・マヤを含む数人が脱走したという。調査のため、変装した正人が彼らのトレーラーに侵入すると、そこにはマヤがいた。自分たちの目的はムガール王朝の秘宝発掘にあり、階級制度の最下層の貧しい人々に施すことだと瞳を輝かせ話すマヤに、心揺れる正人だったが……。
ロボット同士の格闘によるギャンブル「クラッシュバトル」を仕切る組織を暴くために潜伏してい、アイアンイーグルと、そのパイロットのマイケルからの連絡が途絶えてしまった。案じた正太郎は、28号FXとブラックオックスを現地に派遣。正人たちはそこで、またしても、あのエルビス兄弟を目撃する。
ある夜、28号FXとフェニクス、グリッドランサーが何者かに奪われた。犯人を追った正人たちだが、瞬間移動する敵を見失ってしまう。その正体を解明しようとエスパー研究で知られる超心理学研究所を訪ねる。研究所の菊池博士は熱心な研究者に見えたが、実は研究のために少年を手なずけ、実験台にしていたのだ。
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