「飛ぶと思ってやれば、必ずやれるんだ!」(ボス)闇の帝王の怒りは頂点に達していた。暗黒大将軍とアルゴス長官は、海底火山を噴火させ、新たにできた島に前線基地を建設することを企てる。研究所に計画を察知されまいと、各地の海底火山を噴火させ、戦闘獣を差し向ける両者。そうとは知らない研究所は、戦闘獣の出現する各地にグレートマジンガーたちを派遣するのだった。
「いよいよこれから新しい戦いへの出発をするのだ!」(ゴーゴン)ボスボロットの自力飛行テストが行われていた。だが、動力が人力のため、ムチャとヌケの体力が限界に達したと同時に海上へ落下してしまい、研究所はグレートマジンガーを救助に派遣する。ところがその間に戦闘獣ダンダロスが研究所を襲撃!一方、ボスボロット探索中のグレートマジンガーは、戦闘獣ガバラと交戦状態に入っていた。
「あたしが他の将軍とはちょいと違うところを見せてやらなくてはな」(ヤヌス)火山島要塞・新司令官の任についたのは、アルゴス長官直属の部下・ヤヌス侯爵。彼女はグレートマジンガーを海底に設置したリング・バリアに捕獲し、戦闘獣バーグルに研究所への攻撃を開始させ、そして自らも現場に赴いてシローとハルナを捕えた。人質をとられ、剣造所長は研究所放棄の要求に従わざるを得なくなってしまう。
「死んだって貴様を倒す!」(鉄也)ボスとシローが保護した女性の正体は、ヤヌス侯爵だった。眠っているうちにボス達は催眠装置を埋め込まれてしまう。戦闘獣ファラボスとの交戦中、グレートマジンガーを羽交締めにするボスボロット。ファラボスを退けたものの、グレートマジンガーの被害は甚大だった。再び現れたファラボスに対し、鉄也は危険な作戦を決意する。
「ボス、僕も連れて行ってくれ!鉄也兄ちゃんの仇を討ちたいんだ!」(シロー)鉄也が深手を負った今こそチャンスだと、ヤヌス侯爵は再び科学要塞研究所を襲撃した。研究所はビューナスAのパワーアップとシロー専用ロボット・ロボットジュニアの開発を進めていたが、まだ作業は完了していない。ロボットジュニアで脱出したシローは、ボロット改造中のボスに助けを求め、共にヤヌス軍の迎撃へ向かった。
「所長は死んだように青ざめていた。シローを助けてくれって、必死で叫んでいるようだったぜ」(鉄也)剣造所長はシローに自分が実の父親であることを打ち明けた。しかし突然の告白にシローは戸惑うばかり。父親は実験中の事故で死んだはずだった。しかし負傷した剣造の傷口から覗くメカを見た瞬間、わだかまりと疑問は氷解する。剣造は、マジンガーZを作ったシローの祖父の手により、サイボーグ手術を受けて甦っていたのだ。
「私はこの科学要塞研究所でミケロスに体当たりする!」(剣造)前回の戦闘で多大なダメージを被った研究所に、暗黒大将軍とヤヌス侯爵が追い討ちをかけてきた。グレートマジンガーはヤヌスの作戦で動きを封じられ、救出に向かったビューナスAまで捕らわれて、研究所は丸裸に。ミケロスで現れ、研究所の放棄を要求する暗黒大将軍。剣造は研究所をミケロスに体当たりさせようと考える。
「ボス早くしろよ!ビューナスも危ないんだ!」(シロー)防戦一方だった科学要塞研究所が、ついに火山島要塞の攻略に乗り出す。だが彼らより一歩早く、ヤヌス侯爵が攻撃を仕掛けてきた。ミサイルを迎撃するため出撃するグレートマジンガー。それを追って次々と火山島要塞に上陸するビューナスA、ロボットジュニア、ボスボロット。しかし鉄也はヤヌス侯爵の待ち伏せに遭い・・・。
「科学要塞研究所は不滅だ。死の中から甦ってくるのを、今この目で見たんだ!」(鉄也)科学要塞研究所の火山島要塞攻略作戦が開始された。しかし奇襲攻撃のつもりが、常に後手に回ってしまう。しかもその隙に、またもや攻撃を受けてしまう研究所。バリアはミケロスの攻撃で無力化、グレートマジンガーは戦闘獣と相討ちで動くことすらできない。万事休すの状況下、剣造所長は秘密兵器の使用を思いつく。
「俺はもう負けては戻らぬと思え!」(暗黒大将軍)暗黒大将軍が直々に戦場に乗り出してきた。もしも敗れたら生きて戻らぬという悲壮な覚悟を受け、ヤヌスは最高の戦闘獣を選び抜く。大将軍は研究所に攻め込むと、グレートマジンガーの射出口を潰しにかかり、迎撃に出て来たところに機械獣・ジュランの腐食液を浴びせて大ダメージを与える。作戦は成功したかに思えた…。
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