ズリルが製作したサイボーグスパイたちの中には、団兵衛を完璧にコピーしたスパイ4号がいた。1号と2号と3号が人知れず研究所に潜入して内部の爆破を画策するものの、堅固な防衛システムの前に作戦の遂行を阻まれてしまう。ところが偽団兵衛ことスパイ4号は、あっさりとメイン動力炉を破壊してしまう。
吾郎が弱り切った白鳥を保護した。ぐったりとしているのは、ベガ星連合軍によって爆弾を埋め込まれているのが原因だ。宇門博士は一度は危険を考慮して治療を見送るが、吾郎の必死の頼みに負けて手術を開始する。ところが白鳥爆弾は一羽だけではなかった。群れをなして研究所の周囲を取り囲んでいたのだ。
コマンダーキリカは、ベガ星随一の天才少女と呼ばれる科学者だ。平和を愛する心優しい性格だが、今は亡き兄の遺志を継ぎ、冷凍光線の開発に心血を注いでいた。光線を利用して新たな居住惑星を開発するという、壮大な夢を抱いているのだ。彼女は出撃命令を受け取ると、渋々ながらデュークフリードと対決するが…。
謎の大爆発によって孤島が消滅した。ベガ星連合軍の仕業と推測した研究所は、甲児とマリンスペイザーを調査に向かわせる。ミニフォーの攻撃を受けた彼らを助けるため、大介もグレンダイザーで出撃。彼は自分たちが誘い出されたことに気付くが、時既に遅く、東京では恐るべき計画が実行されようとしていた。
巧妙に偽装していた超ウラン貯蔵庫の存在が、ズリルたちに知られてしまった。万が一貯蔵庫が破壊されたら、東京の人間はひとたまりもなく死滅してしまう。ミサイル群の迎撃に向かった大介たちは、一発を除いて全てを破壊。甲児が残り一発の迎撃を受け持つが、一般市民の救助を優先させて着弾を許してしまう。
新年早々に地震が発生し、第七黒潮丸が海難事故を起こす。甲児とマリアは調査に向かうが、マリンスペイザーが海草に絡まれて身動きが出来なくなってしまう。黒潮丸の遭難は、ベガ星連合軍が仕組んだものだった。地震によって発生した何かを黒潮丸が目てしまったため、情報を隠蔽するために攻撃したらしいが…。
ズリルは軍人としてのプライドにこだわり、あくまで海底基地の戦力のみでグレンダイザーを倒そうとしていた。たとえマリンスペイザーとドッキングしても、海中に誘い込んで戦えば勝機は充分にある…。だが、研究所側も対策は検討済み。水中戦用に、新たなサポートメカ・ウルトラサブマリンの開発を進めていた。
地上に残ったズリルは、前線基地の建設予定地として北海道に目をつけた。彼はフリード星人のケインに極秘任務を与えるが、ケインはちょうど馬の買い付けに来ていた団兵衛にベガ獣の存在を知られてしまう。激怒したズリルに時間稼ぎの囮役を命じられた彼は、作戦中にフリード星時代の幼なじみと再会する。
前線基地の建設に失敗したズリルは、燃料補給もままならないまま放浪の旅を続けていた。彼を地球から脱出させようと、ベガ大王は必要な燃料をズリルジュニアに託す。やって来た息子を気遣い、すぐにスカルムーンに帰るよう促すズリル。反発するジュニア。親子の関係がギクシャクする中、ダイザーチームがやって来た。
マリアは奇妙な夢に悩まされていた。洞窟に囚われた父・フリード王がレディガンダルに協力を迫られるという内容だ。しかも結末では、父はベガ獣に組み込まれて地球攻撃へと差し向けられる。死んだはずの父が、本当は生きているのだろうか? 予知能力を持つマリアは、夢の通りの出来事が起こるものだと思い込み…。
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