無駄な争いを避けるためハヤトたちを仲間にしたいと言い残し、ブラックシンカリオンオーガとともに去って行ったキトラルザスのエージェント・キリン。謎だらけの存在である彼の思惑をつかむべく、ハヤトたちはスザクに話を聞く。そのとき、倉敷ヤクモの研究ビルを訪問している上田アズサから自撮りのメッセージが届く。楽しげなその写真には、アズサ、ヤクモたちとともにキリンが写っていた!
キリンに協力していたのはイズモ、ヤクモがいるクラシキ重工だった。彼らの仲間になるかどうか明日までに決めるようにとハヤトに告げ、キリンは姿を消してしまう。イズモがキリンと手を組んだのは、キトラルザスの技術を使って日本の全区間を新幹線化する計画を進めるためだという。その先に待っているのは、都市と地方、街と街の間に差がない未来だと力説するイズモ。日本の未来は、ハヤトの返答に託された……!
ブラックシンカリオンオーガを道連れに地底世界へと戻っていったセイリュウのブラックシンカリオン。セイリュウは自分ひとりでキリンとの決着をつけるべく、地底世界とヒトの世界を繋ぐ桜島の洞窟を破壊してしまった。さらに、新宿の大事件を受けて、超進化研究所にシンカリオン出動禁止の命令が出されてしまう。このままではセイリュウを助けに行くことはおろか、シンカリオンに乗ることすらできない状況で……?
キリンが操るブラックシンカリオンオーガをとらえ、転送によって名古屋に戻ってきたハヤトたち。リュウジやタツミも合流し、キリンとの決着をつけるために畳みかける!しかし、ブラックシンカリオンオーガは秘められた力を解放し、最終形態に変形。全てのシンカリオンのデータを集めて作られた究極の敵を前にハヤトたちは手も足も出ない。そのころ、超進化研究所では「黒い粒子」に関する不思議なデータを発見していた。
「黒い粒子」の力は、仲間同士が協力するエネルギーを増幅させることだった。だが、ブラックシンカリオンオーガはその力を使ったハヤトたちの攻撃をもはねのけてしまう。全てのシンカリオンを撃退し、東京へ向かうキリン。もはや彼を止められるシンカリオンは残っていない……。しかし、ハヤトは諦めていなかった!ブラックシンカリオンオーガを追撃するため、みんなの未来をつなぐため、シンカリオン最後の出発進行!
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