コナンは伊勢原と一緒に逃げるが2人とも断崖絶壁から落下する。伊勢原と断崖から落下中、コナンはベルトからサッカーボールを噴出。コナンはこのボールを使い、伊勢原と断崖の真下にある洞窟へ転がり込んでいた。コナンは伊勢原に協力してもらい、溝呂木の新たな犯行を阻止しようとするが…。
今年は織田信長が岐阜に入城して450年目。コナン、歩美、元太、光彦、灰原、阿笠博士は岐阜市の記念イベントを見に来ていた。夜、コナンたちは5人組の折り紙戦隊、ノブナ・ガイザーのショーを見学。宿に戻った後、光彦は1人でノブナ・ガイザーにサインをもらいに行って行方不明になる。
コナンと蘭は平次、和葉に誘われ、静岡の宿里村にやってくる。村長の殿輔は徳川埋蔵金の発掘を手伝ってもらうため、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇を村に呼んでいた。ここは鵺伝説が残る村だった。夜、皆は村の朽ちたホテルに宿泊するが…。
コナン、蘭、平次、和葉は徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってくる。夜、康克が殺害される事件が発生。康克の背中には獣に襲われたような爪跡が残っていて、肇は鵺にやられたと騒ぐ。この後、再び不気味な鳴き声が響き渡り、コナンたちがいる草むらのあちこちから炎が燃え上がる。
徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、静岡の宿里村にやってきたコナンたち。夜、化け物の鵺に襲われたような傷跡を残して康克、道貴が殺害される。コナンと平次は事件の真相に辿り着き、犯人のトリックを再現してみる事に。朝4時、平次は鵺の正体がわかったと言って皆をホテル前に集める。
小五郎は不思議な仏像の謎を解くため、コナン、蘭と方斗寺にやってくる。本堂の十一面観音は勝手に横や後ろを向く事があり、そうなった後は必ず悪い事が起きるという。この日も仏像は後ろを向いていて、住職の福原栄鏡の妻、昌子と娘の由佳はまた悪い事が起きるかもしれないと不安になる。
小五郎はコナン、蘭を連れ、ロボットを作る久須美工機の工場にやってくる。社員の谷崎、堀内、一色の中の誰かが明星テクニクスにパーツを横流ししていて、小五郎は社長の久須美から犯人の特定を依頼されていた。夜、小五郎、コナン、蘭は情報漏洩犯を現行犯逮捕するため、工場内に身を潜めるが…。
鳥丸は奥米花にある由の家に強盗に入って逃走。鳥丸は山道の前方にいた元太を払い倒して逃げる。この後、鳥丸は角を曲がった所で権野に激突。2人は崖を転げ落ちる。鳥丸は気絶した権野の服に着替え、代わりに権野に自分の服を着させる。鳥丸は権野を犯人に仕立て上げようと企んだのだ。頭を打って記憶を失った権野は…。
コナンは蘭、園子、世良とデパートの水着売場にやってくる。コナンはその場を離れ、婦人服売場「シムサ」の前を通りかかり、店員の南部、客の二塚、客の指原とその部下の八卷の4人が揉めている現場を目撃する。この後、コナンと蘭たちが「シムサ」の様子を見に行くと、悲鳴が聞こえてくる。
コナンたちが訪れたデパートの婦人服売場の更衣室で女社長の指原が何者かに絞殺される。指原は左手と右手にダイイングメッセージを残していた。目暮警部は店員の南部、客の二塚、指原の部下の八卷から話を聞く事に。犯人の目星をつけたコナンと世良は園子たちとの会話をヒントにトリックを見破って…。
コナン、元太、光彦、歩美は土砂降りに見舞われ、洋館で雨宿りさせてもらう。家主の太田黒の妻、智恵子は車椅子の生活をしていたが2カ月前に崖下に落ちて事故死。太田黒は半月前から智恵子が霊になって現れると話していて、コナンたちも屋敷で黄色い光の幽霊や勝手に動く車椅子を目撃する。
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